使い方ガイド
- 受け取ったオリゴの一覧を貼り付けます。表計算ソフトから名前と量の列をまとめてコピーすると、そのまま貼り付きます。
- 納品量の単位を選びます。nmol ならチューブのラベルだけで足り、µg なら各行の3つ目のセルに分子量が必要です。
- 目標の原液濃度を確かめます。既定の 100 µM は、出典が標準として勧めている値です。
- 表にすべてのチューブの緩衝液量が出ます。コピーするか Excel に書き出して、実験台へ持って行ってください。
- 下の欄では使用液も計算します。反応に入れるのは原液ではなく、そちらです。
オリゴ再懸濁の計算式と注意点
µM は1 L あたりのマイクロモル数で、スケールを下げるとそれはちょうど1 µL あたりのピコモル数です。ですからここに覚えるべき定数はありません。100 µM の原液は、1 µL ごとに 100 pmol を含んでいるというだけです。
計算式
量が nmol なら1行です。µg の場合は、分子量を使ってまず nmol にします。
- 加える緩衝液 (µL)
- nmol の量 × 1000 ÷ 目標の µM
- µg から nmol へ
- µg の量 × 1000 ÷ 分子量
- 使用液
- 必要な原液 (µL) = 使用濃度 × 作る量 ÷ 原液濃度
注意点
- 出典が挙げている計算例と一致します。9 nmol を 100 µM にするには 90 µL — nmol の数値の10倍の µL です。
- 開ける前にチューブを軽く遠心してください。乾いたオリゴは薄い膜か白いフレーク状のペレットで、輸送中に外れたペレットは蓋を開けたときに飛び出すことがあります。
- 溶けない場合、出典は 55°C で1〜5分温めてよくボルテックスすることを勧めています。蛍光色素や疎水性の修飾が付いたオリゴは、より時間がかかります。
- ⚠️ 同じ計算はプライマー Tm のツールの中にもあります。2つは別々に計算しているため、片方の式を変えてももう片方は変わりません。数値が食い違ったときは、まずそこを疑ってください。
- OD260 は入力として受け付けません。A260 をモル数にするにはそのオリゴの ε260 が必要ですが、その値が載っている仕様書にはすでに nmol の量が書かれているため、OD は遠回りです。ε260 の表についても1次出典が得られませんでした。
よくある質問
出典が標準として勧めている値だからです。作るのが簡単で、その後の希釈にも使い回しがききます。ただし推奨にすぎませんので、別の値を入れれば表はそれに合わせて計算し直します。
出典は pH が動かない点から TE緩衝液 を勧め、代わりとしてヌクレアーゼフリーの滅菌水を挙げています。DEPC処理水と脱イオン装置から出したままの水は、どちらも酸性に傾いていることが多く、DNA オリゴを時間とともに傷めるとして避けるよう注意しています。
制限はありません。96ウェルプレート1枚分をまとめて貼り付けてもかまいません。このページが独立したツールになっているのは、まさにそのためです。計算は割り算1回ですが、届くのはいつも1本ではなく1プレートだからです。
ほとんどの場合、データと一緒にコピーした見出し行です。計算からは外し、何行目かをお知らせしますので、そのままにしておいてかまいません。
できます。値が1つだけの行は、量として読みます。ただし名前は入れておくほうがよいでしょう。同じ見た目のチューブが12本並んだラックを前にして、「3行目に 91 µL」は使える指示にならないからです。