Lab-Tacular

Calculadora de resuspensión de oligonucleótidos

Pega la lista completa de un pedido y obtén de una vez el volumen de solución amortiguadora de cada tubo, con exportación al portapapeles y a Excel.Pega la lista tal como llegó. Esta herramienta existe para hacer una placa entera de una vez.

Uno por línea, como «nombre ⇥ cantidad en nmol». Copiar dos columnas de una hoja de cálculo se pega exactamente igual. Una línea con solo un número también vale.

Preparar una disolución de trabajo

Eso es una dilución de 10×: 10 µL de solución madre más 90 µL de diluyente dan 100 µL.

Fuente: IDT, “Expert tips for resuspending oligos and primers” (consejos para resuspender oligonucleótidos y cebadores): recomienda 100 µM como solución madre estándar y dice que hay que añadir en µL diez veces la cifra en nmol.

Cómo se usa

  1. Pega la lista de oligonucleótidos que has recibido. Copiar juntas las columnas de nombre y cantidad desde una hoja de cálculo se pega tal cual.
  2. Elige la unidad de la cantidad entregada. En nmol basta con la etiqueta del tubo; en µg cada línea necesita un peso molecular en una tercera celda.
  3. Revisa la concentración objetivo de la solución madre. Los 100 µM por defecto son lo que la fuente recomienda como estándar.
  4. La tabla da el volumen de amortiguador de cada tubo. Cópiala o descárgala en Excel y llévatela a la mesa de trabajo.
  5. La sección de abajo calcula además la disolución de trabajo, que es lo que entra en una reacción, y no la solución madre.

Fórmula de la resuspensión de oligonucleótidos y notas prácticas

µM significa micromoles por litro y, bajando de escala, eso es exactamente picomoles por microlitro. Así que aquí no hay ninguna constante que recordar: una solución madre de 100 µM sencillamente tiene 100 pmol en cada µL.

La fórmula

Una sola línea si la cantidad está en nmol; los µg necesitan primero el peso molecular para llegar a nmol.

Amortiguador a añadir (µL)
cantidad en nmol × 1000 ÷ objetivo en µM
De µg a nmol
cantidad en µg × 1000 ÷ peso molecular
Disolución de trabajo
solución madre necesaria (µL) = trabajo × volumen ÷ concentración de la solución madre

Notas prácticas

  • Esto coincide con el ejemplo resuelto de la propia fuente: 9 nmol llevados a 100 µM necesitan 90 µL, diez veces la cifra en nmol, en µL.
  • Centrifuga brevemente el tubo antes de abrirlo. Un oligonucleótido seco es una película fina o un sedimento blanco y escamoso, y un sedimento que se haya soltado durante el transporte puede salir volando al quitar el tapón.
  • Si no se disuelve, la fuente sugiere calentar a 55°C entre 1 y 5 minutos y agitar bien en vórtex. Los oligonucleótidos que llevan fluoróforos o modificaciones hidrófobas tardan más.
  • ⚠️ Este mismo cálculo vive también dentro de la herramienta de Tm de cebadores. Las dos lo calculan por separado, así que cambiar la fórmula en una no cambia la otra. Si alguna vez los números no coinciden, sospecha de eso primero.
  • La OD260 no se acepta como dato de entrada. Convertir la A260 en moles necesita el ε260 de ese oligonucleótido, y la hoja de especificaciones que lleva ese valor ya imprime la cantidad en nmol, así que la OD es el peor camino. Tampoco se ha podido obtener ninguna fuente primaria con una tabla de valores de ε260.

Preguntas frecuentes

Se usan a menudo juntas

Abrir →

Tm de cebadores

Temperatura de fusión de cebadores y oligonucleótidos por el modelo del vecino más próximo.

Abrir →

ng ↔ pmol

Convierte masa, cantidad y número de copias de ácidos nucleicos a partir de la longitud y del peso molecular por unidad.

Abrir →

Diluciones

Resuelve C1V1 = C2V2 para el valor que falte.