使い方ガイド
- 核酸の種類を選びます。1単位あたりの分子量の既定値は、それに従って決まります。
- 長さを入れます。二本鎖DNA は塩基対 (bp)、一本鎖のものは塩基 (nt) で数えます。
- 質量 (ng) と量（pmol）のうち分かっているほうを1つの欄だけに入れ、「計算」を押します。もう一方が埋まります。
- 結果には、全体の分子量とコピー数も付きます。
- 1単位あたりの分子量は書き換えられます。既定値は画面に表示されており、別の慣習の値をお使いならそれを入れてください。核酸の種類を変えると既定値に戻ります。
💡 指数は e で入力できます。たとえば 1.5×10⁻⁵ は 1.5e-5 と入力します。
計算式と注意点
質量と物質量は分子量で結ばれています。物質量は質量を分子量で割ったもので、単位の桁をそろえると次の形になります。
- 量
- pmol = 質量(ng) × 1000 ÷ MW(g/mol)
1000 が付くのは単位のためです。ng は 10⁻⁹ g、pmol は 10⁻¹² mol で、その比が 10³ です。
核酸の分子量は長さに比例するため、次の近似が使えます。
- 分子量
- MW ≈ 長さ × 1単位あたりの分子量
| 核酸の種類 | 1単位あたりの分子量（既定値） |
|---|---|
| 二本鎖DNA | 650 g/mol / bp |
| 一本鎖DNA・オリゴ | 330 g/mol / nt |
| RNA | 340 g/mol / nt |
コピー数はアボガドロ定数から出ます。1 mol は 6.022 × 10²³ 個の分子なので、1 pmol はその 6.022 × 10¹¹ 個です。
- コピー数
- コピー数 = pmol × 6.022 × 10¹¹
注意点
- 1単位あたりの分子量には慣習の違いがあります。二本鎖DNA を 650 とするところと 660 とするところがあり、答えは約 1.5% 動きます。この計算ツールが値を書き換えられるようにしているのはそのためです。どちらを使ったか記録してください。
- オリゴでは、実際の塩基組成から計算した分子量のほうが、長さからの近似より確かです。オリゴが短いほど差は大きくなります。合成の受託先が分子量を示しているなら、そちらを使ってください。
- 二本鎖DNA と一本鎖DNA を取り違えないでください。同じ長さでも、1単位あたりの分子量が2倍近く違います。
- 長さは実際の産物の長さです。プラスミドなら全長、PCR 産物なら増幅産物の長さです。
- コピー数は、すべての分子が壊れずに全長を保っていることを前提としています。断片化していれば、分子の数はこれより多く、1つ1つは短くなります。
よくある質問
どちらも使われています。所属機関や参照している論文の慣習に従い、どちらを使ったかを記録してください。この計算ツールの既定値は 650 で、変更できます。2つの差は約 1.5% です。
この計算ツールは 長さ × 330 で近似しています。実際の分子量は塩基組成によって決まり、オリゴが短いほど差が広がります。正確な値が必要なら、受託先の分子量を1単位あたりの欄に入れるのではなく、その全体の分子量になる1単位あたりの値を求めるか、別に換算してください。
PCR 産物・プラスミド・制限酵素断片は二本鎖 (dsDNA) です。プライマー・プローブ・合成オリゴは一本鎖です。cDNA は合成のしかたによるので、プロトコルを確かめてください。
リアルタイムPCR の絶対定量で、スタンダードを作るときに使います。検量線は「1反応あたり 10⁵ コピー」のように、コピー数で組むことがよくあります。
使えます。RNA を選ぶと、1単位あたりの分子量が 340 になります。ただし RNA は二次構造や分解のため、DNA より正確に定量しにくいことにご留意ください。
ここで出た pmol やコピー数を、希釈計算ツールや段階希釈の計算ツールの初期濃度として入れてください。