使い方ガイド
- 二本鎖DNA・一本鎖DNA・RNA から選びます。長さの単位が連動します。前者は塩基対、あとの二つは塩基です。
- 長さを入れます。
- 単位あたりの平均分子量は自動で入ります。従うプロトコルが別の値を使うなら変更してください。塩基対あたり 660 g/mol も 650 と同じくらいよく使われます。
- 必要なら pmol の量を入れてください。その質量（µg）と分子数が出ます。
💡 指数は e で入力できます。たとえば 1.5×10⁻⁵ は 1.5e-5 と入力します。
計算式と注意点
核酸の分子量は、ふつう計算ではなく推定です。長さに、塩基対1個あるいは塩基1個の平均の重さを掛けます。ここでしているのはそれで、答えの不確かさはすべて「平均」という語のなかにあります。
三行を順に当てはめるだけです。
- 分子量
- MW (g/mol) = 長さ × 単位あたりの平均の重さ
- 1 pmol の質量
- m (µg) = MW × 10⁻¹² mol × 10⁶ = MW × 10⁻⁶
- 1 pmol に含まれる分子数
- N = 6.022 × 10¹¹
このツールが出発点にする平均値
| 種類 | 長さの単位 | 単位あたり g/mol |
|---|---|---|
| 二本鎖DNA | 塩基対 (bp) | 650 |
| 一本鎖DNA | 塩基 (nt) | 330 |
| RNA | 塩基 (nt) | 340 |
一本鎖の値が二本鎖の半分に近いのは偶然ではありません。塩基対ひとつは塩基ふたつだからです。わずかにずれるのは平均のせいで、誤りではありません。
注意点
- ⚠️ 二本鎖DNAの塩基対あたりの重さとして 650 と 660 g/mol の両方がよく使われ、答えが 1.5 % 違います。この欄を定数ではなく入力にしてあるのは、まさにそのためです。参照している資料が使う値を入れてください。
- ここで使う単位あたりの重さは、ng ↔ pmol 換算ツールが使うものと同じで、コードでも同じ場所を読んでいます。一つのサイトの二つのツールが同じ分子に違う答えを出すのは、どの検査も報告してくれない種類の故障なので、値は写さずに共有しています。
- 推定がいちばん弱いのは短いオリゴです。A だけの20-merは C だけの20-merよりはっきり重く、20個しかなければ四つの塩基を平均した値はもう良い近似ではありません。正確な値は供給元の仕様書にあります。
- 5′ 末端はここでは考慮していません。リン酸基ひとつでおよそ 80 g/mol であり、20-mer では効きますがプラスミドでは消えます。
- kDa は分子量を1000で割ったもので、供給元がその表記を使います。1 kb の断片ならおよそ 650 kDa です。別の計算だからではなく、その表記が使われているので併記しています。
よくある質問
どちらも使われており、どちらも誤りではありません。650 のほうが丸い値で、660 は対イオンまで含めて組成を均等に平均した値に近いものです。差は 1.5 % で、ふつうの濃度測定の誤差より小さく、よく測った測定の誤差より大きい。プロトコルが使った値を使い、どちらかを書き残してください。
あちらは平均ではなく実際の配列から計算しているからです。20-mer では数パーセント開くことがあり、5 kb の断片では消えます。供給元の値があるならそれを使ってください。このツールは「長さしかないとき」のためのものです。
塩基対あたり 650 g/mol でおよそ 0.65 µg です。理屈は短くて、1000 bp × 650 = 650 000 g/mol、そして 1 pmol は何であれ「分子量をピコグラムとして読み 10⁶ を掛けた」重さなので 0.65 µg になります。
g/mol を1000で割った同じ数なので、ほかの単位と同じ意味で妥当です。供給元やサイズマーカーがその表記を使うので併置しています。核酸では bp の長さのほうが多くを語るので、このツールではそちらが出力ではなく入力になっています。
どちらも塩基組成についての平均で、別々の人が数十年の間隔をおいて別々に丸めたからです。2 × 330 は 660 で、それが流通しているもう一方の二本鎖の値です。二つの慣用のあいだの 10 g/mol の差が、「650 か 660 か」という議論のすべてです。
含まれません。単位あたりの平均値は残基が基準なので、5′ リン酸基のおよそ 80 g/mol は数えていません。20-mer で 0.25 % ほど、プラスミドでは無に等しいのですが、質量スペクトルと突き合わせるときには知っておく値です。