配列解析
マルチプルアライメント
複数の配列を並べ、保存領域と配列どうしの関係を示します。
配列 (FASTA)
これは例です。入力欄をクリックすると消えて、入力を始められます。
例：
タンパク質配列 6 件
パラメータ
アライメントがまだありません。
左に配列を貼り付けるか落としてから、［アライメント］を押してください。
使い方ガイド
- 左に FASTA で配列を貼り付けるか、ファイルをドロップします。
- 整列を押します。アライメント・コンセンサス・系統樹がまとめて出ます。
- 列を読みます。保存された列がこの作業の目的で、要約行がいま見ている配列数と列数を示します。
知っておくとよいこと
- 整列はブラウザの中で行われます。貼り付けたものは送信されず、ページが読み込まれたあとは通信を一切しません。
- 要約行に反復回数と所要時間が出ます。遅いときに理由が見えるようにするためです。
- 同じ系統樹が繰り返されて止まった場合はそう表示されます。これ以上回しても答えが変わらないという意味で、失敗ではありません。
よくある質問
実験室で普通に扱う程度、つまりゲノムではなく近縁な遺伝子のまとまりです。要約行の所要時間がいちばん正直な目安で、その数字が重ければブラウザには大きすぎる入力です。
できます。貼り付けたものに応じてスコア行列が決まります。
配列をそろえるために入れたものです。ほかのツールに渡すときはそのまま残してください。ギャップがないと列どうしの対応が崩れます。
ほかの配列ツール
- FASTA 整形ツール — 貼り付けた FASTA を整え、アライメントはそのまま残します。
- DNA 逆相補的配列 — 塩基配列の反転・相補・逆相補を求めます。
- DNA タンパク質翻訳ツール — 6 つの読み枠の翻訳と ORF 検索。NCBI の遺伝暗号表を選べます。