Cómo se usa
- Elige el ácido nucleico. El peso molecular por unidad que se pone por defecto se deduce de él.
- Introduce la longitud. El dsDNA se mide en pares de bases (bp) y las especies monocatenarias en bases (nt).
- Rellena el que conozcas de los dos, la masa (ng) o la cantidad (pmol) —un solo campo— y pulsa Calcular. El otro se rellena por ti.
- El resultado viene con el peso molecular total y el número de copias.
- El peso molecular por unidad se puede editar. El valor por defecto está en pantalla, y si tu convención usa otro, puedes introducirlo. Cambiar el ácido nucleico restaura el valor por defecto.
💡 Los exponentes se pueden escribir con e; por ejemplo, 1.5×10⁻⁵ se escribe 1.5e-5.
Fórmula y notas prácticas
La masa y la cantidad de sustancia están unidas por el peso molecular. La cantidad es la masa dividida entre el peso molecular y, una vez alineadas las escalas de las unidades, queda así:
- Cantidad
- pmol = masa(ng) × 1000 ÷ PM(g/mol)
El 1000 está ahí por las unidades. Un ng es 10⁻⁹ g y un pmol es 10⁻¹² mol, y la razón entre ellos es 10³.
El peso molecular de un ácido nucleico es proporcional a su longitud, lo que da esta aproximación:
- Peso molecular
- PM ≈ longitud × PM por unidad
| Ácido nucleico | PM por unidad (por defecto) |
|---|---|
| dsDNA | 650 g/mol por bp |
| ssDNA · oligonucleótido | 330 g/mol por nt |
| ARN | 340 g/mol por nt |
El número de copias sale del número de Avogadro. Un mol son 6.022 × 10²³ moléculas, así que un pmol son 6.022 × 10¹¹ de ellas.
- Número de copias
- copias = pmol × 6.022 × 10¹¹
Notas prácticas
- Las convenciones difieren en el peso molecular por unidad. En algunos sitios se toma el dsDNA como 650 y en otros como 660, y la respuesta se mueve alrededor de un 1.5%. Por eso esta calculadora deja editar el valor: anota cuál has usado.
- Para los oligonucleótidos, un peso molecular calculado con la composición real de bases gana a la aproximación por longitud. Cuanto más corto sea el oligonucleótido, mayor es la distancia. Si tu proveedor de síntesis te da un peso molecular, usa el suyo.
- No confundas el dsDNA con el ssDNA. A la misma longitud, el peso molecular por unidad se diferencia casi en un factor de dos.
- La longitud es la longitud del producto real. En un plásmido es la longitud entera; en un producto de PCR es la longitud del amplicón.
- El número de copias da por supuesto que todas las moléculas están intactas y completas. Con fragmentación hay más moléculas que esta cifra y son más cortas.
Preguntas frecuentes
Se usan a menudo juntas
Concentración de ADN/ARN (A260)
Calcula la concentración de ácido nucleico, el rendimiento y los cocientes de pureza A260/A280 y A260/A230.
Ligación
Calcula qué entra en una reacción de ligación a partir de la relación molar que quieras.
Pooling de libraries de NGS
Volúmenes que hay que tomar de cada library y amortiguador que hay que añadir, para el pooling equimolar, de volumen igual y ponderado.