사용 방법
- 이중가닥 DNA·단일가닥 DNA·RNA 중에서 고릅니다. 길이 단위가 따라 바뀝니다. 앞의 것은 염기쌍, 뒤의 둘은 뉴클레오티드입니다.
- 길이를 입력합니다.
- 단위당 평균 분자량은 자동으로 채워집니다. 따르는 프로토콜이 다른 값을 쓰면 바꾸세요. bp당 660 g/mol 도 650만큼 흔합니다.
- 필요하면 pmol 단위 양을 넣으세요. 그 질량(µg)과 분자 개수가 함께 나옵니다.
💡 지수는 e를 사용해 입력할 수 있습니다. 예를 들어 1.5×10⁻⁵ 은 1.5e-5 로 입력하면 계산됩니다.
공식 설명 및 주의사항
핵산의 분자량은 보통 «계산»이 아니라 «추정»입니다. 길이에 염기쌍 하나 또는 뉴클레오티드 하나의 평균 무게를 곱합니다. 여기서 하는 일이 그것이고, 답의 불확실성은 전부 «평균»이라는 낱말에 들어 있습니다.
세 줄을 순서대로 적용합니다.
- 분자량
- MW (g/mol) = 길이 × 단위당 평균 무게
- 1 pmol의 질량
- m (µg) = MW × 10⁻¹² mol × 10⁶ = MW × 10⁻⁶
- 1 pmol에 든 분자 수
- N = 6.022 × 10¹¹
이 도구가 출발점으로 쓰는 평균값
| 종류 | 길이 단위 | 단위당 g/mol |
|---|---|---|
| 이중가닥 DNA | 염기쌍 (bp) | 650 |
| 단일가닥 DNA | 뉴클레오티드 (nt) | 330 |
| RNA | 뉴클레오티드 (nt) | 340 |
단일가닥 값이 이중가닥 값의 절반에 가까운 것은 우연이 아닙니다. 염기쌍 하나가 뉴클레오티드 둘이니까요. 조금 어긋나는 것은 평균 때문이지 오류가 아닙니다.
실무 주의사항
- ⚠️ 이중가닥 DNA의 염기쌍당 무게로 650과 660 g/mol이 둘 다 흔히 쓰이고, 답이 1.5 % 차이 납니다. 이 칸을 상수가 아니라 입력으로 둔 이유가 정확히 그것입니다. 참고하는 자료가 쓰는 값을 넣으세요.
- 여기 쓰는 단위당 무게는 ng ↔ pmol 변환기가 쓰는 것과 같고, 코드에서도 같은 곳을 읽습니다. 한 사이트의 두 도구가 같은 분자에 다른 답을 내는 것은 아무 검사도 잡아 주지 않는 종류의 고장이라, 값을 베끼지 않고 공유합니다.
- 짧은 올리고에서 이 추정이 가장 약합니다. A만 20개인 20-mer는 C만 20개인 20-mer보다 눈에 띄게 무겁고, 스무 개밖에 없으면 네 염기를 평균 낸 값이 더 이상 좋은 근사가 아닙니다. 공급사 스펙 시트에 정확한 값이 있습니다.
- 5′ 말단은 여기서 고려하지 않습니다. 인산기 하나가 약 80 g/mol 인데, 20-mer 에서는 의미가 있고 플라스미드에서는 사라집니다.
- kDa는 분자량을 1000으로 나눈 것이고, 공급사들이 그렇게 표기합니다. 1 kb 조각이면 약 650 kDa 입니다. 다른 계산이라서가 아니라 그 표기가 쓰이기 때문에 함께 보여 줍니다.
자주 묻는 질문
둘 다 쓰이고 어느 쪽도 틀리지 않았습니다. 650이 더 둥근 값이고, 660은 대이온까지 포함해 조성을 고르게 평균한 값에 가깝습니다. 차이는 1.5 %인데, 웬만한 농도 측정의 오차보다는 작고 잘 잰 측정의 오차보다는 큽니다. 프로토콜이 쓴 값을 쓰고, 어느 쪽인지 적어 두세요.
그쪽은 평균이 아니라 실제 서열로 계산했기 때문입니다. 20-mer 에서는 몇 퍼센트까지 벌어지고, 5 kb 조각에서는 사라집니다. 공급사 값이 있으면 그것을 쓰세요. 이 도구는 «길이밖에 없을 때»를 위한 것입니다.
bp당 650 g/mol 기준으로 약 0.65 µg 입니다. 근거는 짧습니다. 1000 bp × 650 = 650 000 g/mol 이고, 1 pmol은 무엇이든 «분자량을 피코그램으로 읽고 10⁶을 곱한» 무게이므로 0.65 µg 입니다.
g/mol을 1000으로 나눈 같은 수이니, 다른 단위와 마찬가지로 말이 됩니다. 공급사와 크기 마커가 그 표기를 쓰기 때문에 함께 둡니다. 핵산에서는 bp 길이가 더 많은 것을 알려 주고, 그래서 이 도구에서는 그쪽이 출력이 아니라 입력입니다.
둘 다 염기 조성에 대한 평균이고, 서로 다른 사람이 수십 년의 간격을 두고 따로 반올림했기 때문입니다. 2 × 330은 660이고, 그것이 바로 유통되는 다른 쪽 이중가닥 값입니다. 두 관행 사이의 10 g/mol 차이가 «650이냐 660이냐» 논쟁의 전부입니다.
아닙니다. 단위당 평균값은 잔기 기준이라 5′ 인산기 약 80 g/mol 은 세지 않습니다. 20-mer 에서 0.25 % 정도이고 플라스미드에서는 아무것도 아니지만, 질량 스펙트럼과 대조할 때는 알아 둘 값입니다.