Cómo se usa
- Mide en ImageJ la banda de la diana y la del control de carga. Resta ahí el fondo, antes de venir aquí.
- Pega una línea por carril: el nombre del carril, la densidad de la diana y la densidad del control de carga.
- Para reunir las réplicas, añade un nombre de grupo como cuarta columna.
- Elige el grupo control. Todos los cambios en veces se miden con la media de ese grupo puesta a 1.
- Lee juntas las columnas del paso 1 y del paso 2. La columna de al lado es lo que habrías obtenido saltándote el paso 1.
Las fórmulas y lo que hay que vigilar
La aritmética son dos divisiones. Lo difícil no es la aritmética, es el orden.
Paso 1 — dividir cada carril entre su propio control de carga
Los carriles nunca llevan la misma cantidad de proteína, así que la densidad de la diana se divide entre la densidad del control de carga de ese mismo carril. El resultado es lo que habría sido la diana si la carga hubiera sido igual.
- Densidad normalizada
- diana ÷ control de carga
Paso 2 — dividir entre la media del grupo control
El valor del paso 1 se divide entre la media de los valores del paso 1 de los carriles control. El control se convierte en 1 y todo lo demás es un cambio en veces frente a él.
- Cambio en veces
- normalizado ÷ media normalizada del control
Lo que hay que vigilar
- La fuente escribe el paso 1 como diana × (carga del carril control ÷ carga de este carril). Aquí se escribe como diana ÷ carga de este carril. Las dos se diferencian en una constante —el control de carga del carril control— que el paso 2 divide por igual en todos los carriles, así que los cambios en veces son idénticos.
- A las densidades hay que haberles restado el fondo, y tienen que medirse sobre una imagen sin saturar. Una banda saturada enseña una diferencia menor que la real.
- La dispersión de los controles de carga se informa como un CV, sin ninguna línea de aprobado trazada sobre él. No se ha encontrado ningún documento primario que dé ese umbral, y este sitio no pone un número sin fuente donde va un criterio.
- Las proteínas constitutivas suelen haber saturado la membrana por encima de unos 4 μg por carril (Taylor y Posch, 2014). Un control de carga saturado se ve igual por mucho que se haya cargado, así que normalizar frente a él borra justamente la diferencia que estás midiendo.
- La columna sin normalizar es para comparar y no es un número que comunicar. Está ahí para enseñar lo lejos que te habría dejado saltarte el paso 1.
Preguntas frecuentes
Se usan a menudo juntas
Recetas de geles SDS-PAGE
Introduce porcentaje, número de geles y grosor; obtén las recetas del gel separador y del gel concentrador, además del porcentaje adecuado para el tamaño de tu proteína.
Creador de gráficos con barras de error
Dibuja un gráfico de barras de error a partir de datos agrupados, con los estadísticos de resumen.
Selector de prueba estadística
Elige la prueba estadística que encaja con tus datos y la ejecuta.