Cómo se usa
- Introduce el volumen de recuperación y cuánto de él extendiste de verdad. Recuperar en 1 mL y sembrar 100 µL son 1000 y 100.
- Introduce el recuento de colonias de la placa de la muestra y cuánto ADN entró en la transformación.
- Si hiciste placas control, introduce también sus recuentos. Cada una añade algo que la página puede señalar.
- Escribe la eficiencia impresa en tus células competentes y el control positivo se compara con ella.
- Lee «qué dicen estos números» debajo. Cada frase lleva los números de los que sale.
Las fórmulas y lo que hay que vigilar
La aritmética solo rehace el camino de cuánto ADN llegó a la placa que has contado.
Volver a escalar hacia arriba
Has contado lo que extendiste, así que el recuento vuelve a subir hasta el volumen de recuperación entero y después se divide entre el ADN.
- Colonias totales
- colonias × (recuperación ÷ sembrado) × dilución
- Eficiencia
- colonias totales ÷ (ng ÷ 1000) ufc/µg
Qué comprueba cada control
Cada placa aísla un paso distinto. Donde se amontonan las colonias es donde está el problema.
- Sin ADN
- antibiótico, placa, contaminación
- Solo cortado
- digestión incompleta
- Solo vector
- autoligación — hace falta desfosforilar
- Positivo
- células competentes, choque térmico
Lo que hay que vigilar
- No se traza ninguna línea de aprobado. No se ha podido abrir ningún documento primario que dé una, y no se ha inventado ninguna.
- En su lugar se comparan las placas entre sí. «El fondo es el 60 % de la muestra» es aritmética y no un criterio, y significa que tres de cada cinco colonias que piques estarán probablemente vacías.
- El control positivo se mide frente a la eficiencia impresa en tus células competentes. Ese número está en tu tubo; no es uno que haya elegido esta herramienta.
- El volumen de recuperación, el volumen sembrado y la dilución se aplican por igual a todas las placas. Si fueron distintos, calcula por separado.
- No introduzcas una placa con demasiadas colonias para contarlas. Si no había nada contable, volver a sembrar desde una dilución mayor es más rápido que estimar.
- La eficiencia depende mucho de cómo se hizo la transformación: la duración del choque térmico, el tiempo de recuperación, lo secas que estuvieran las placas. Las mismas células varían de un día para otro.
Preguntas frecuentes
Sí, y sigues obteniendo la eficiencia. Pero «por qué no crece nada» necesita los controles, y eso es lo que separa a esta de las demás calculadoras.
La ligación de solo vector es la que más vale. La autoligación es el fallo más frecuente y el más silencioso. La placa sin ligasa va después.
Una ligación transforma órdenes de magnitud peor que un plásmido intacto, de forma rutinaria. Por eso esta herramienta no califica el número absoluto de la muestra y solo compara el control positivo con lo que declaran tus células.
Cuando volviste a diluir el cultivo de recuperación antes de extenderlo. Una dilución más de diez veces es 10; sin dilución adicional es 1.
Se usan a menudo juntas
Abrir →
Ligación
Calcula qué entra en una reacción de ligación a partir de la relación molar que quieras.
Abrir →
Dilución de antibióticos
Trae las concentraciones madre y de trabajo habituales de nueve antibióticos y calcula el volumen que hay que añadir para tantos frascos de medio como quieras.
Abrir →
Recuento celular
Convierte los recuentos de la cámara de Neubauer en células/mL, células totales y viabilidad.