Calculadora de Tm de cebadores
Temperatura de fusión de cebadores y oligonucleótidos por el modelo del vecino más próximo.
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Resultados — 2 secuencias
| Nombre | Secuencia | Longitud | GC% | Tm (°C) | Aproximada (Wallace) | ΔH (kcal/mol) | ΔS (cal/mol·K) | PM | ε₂₆₀ |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| FWD_GAPDH | ACCACAGTCCATGCCATCAC | 20 | 55.0% | 62.2 | 62 | -154.6 | -414.8 | 5991 | 187,700 |
| REV_GAPDH | TCCACCACCCTGTTGCTGTA | 20 | 55.0% | 63.0 | 62 | -152.2 | -406.6 | 6004 | 176,600 |
Estos son valores predichos. La temperatura de fusión real depende de la secuencia, del amortiguador y de cómo se mida, así que confírmala experimentalmente cuando importe.
Parámetros de vecinos más próximos de SantaLucia (1998) con la corrección por sal del mismo artículo, aplicada a ΔS. El Mg²⁺ que sobra después de que los dNTP lo quelen se incorpora como una concentración monovalente equivalente (von Ahsen 2001). La columna aproximada (Wallace) es 2(A+T)+4(G+C), una cifra a ojo para cebadores cortos: decide con la columna de Tm.
Referencias
De dónde salen las ecuaciones de esta herramienta. Cada entrada se ha comprobado contra su registro de PubMed o su DOI.
- SantaLucia J Jr. (1998) A unified view of polymer, dumbbell, and oligonucleotide DNA nearest-neighbor thermodynamics. Proc Natl Acad Sci USA 95(4):1460–1465.doi:10.1073/pnas.95.4.1460Los parámetros de vecinos más próximos y la corrección por sal: las dos cosas que usa esta herramienta salen de este único artículo
- von Ahsen N, Wittwer CT, Schütz E. (2001) Oligonucleotide melting temperatures under PCR conditions: nearest-neighbor corrections for Mg2+, deoxynucleotide triphosphate, and dimethyl sulfoxide concentrations with comparison to alternative empirical formulas. Clin Chem 47(11):1956–1961.doi:10.1093/clinchem/47.11.1956La relación que convierte el Mg²⁺ y los dNTP en una concentración monovalente equivalente
- von Ahsen N, Wittwer CT, Schütz E. (2011) Monovalent and divalent salt correction algorithms for Tm prediction — recommendations for Primer3 usage. Brief Bioinform 12(5):514–517.doi:10.1093/bib/bbq081El argumento sobre qué correcciones monovalente y divalente combinar
- Green MR, Sambrook J. (2019) Polymerase Chain Reaction. Cold Spring Harb Protoc 2019(6):pdb.top095109.doi:10.1101/pdb.top095109Los cuatro valores del preajuste de PCR estándar: KCl 50 mM, Mg²⁺ 1.5 mM, 200 µM de cada dNTP y cebador a 0.1–0.5 µM
- Wallace RB, Shaffer J, Murphy RF, Bonner J, Hirose T, Itakura K. (1979) Hybridization of synthetic oligodeoxyribonucleotides to phi chi 174 DNA: the effect of single base pair mismatch. Nucleic Acids Res 6(11):3543–3557.doi:10.1093/nar/6.11.3543La regla 2(A+T) + 4(G+C) que hay detrás de la columna aproximada
La tabla de dinucleótidos que hay detrás de la columna ε₂₆₀ no aparece en la lista: no se ha podido confirmar su fuente contra un registro primario. El peso molecular es una suma de pesos de bases y no necesita cita.
Cómo se usa
- Pon un cebador por línea, o varios a la vez en FASTA. También puedes soltar un archivo.
- Fija la concentración del oligo y las sales. Na⁺, Mg²⁺ y dNTP cambian la respuesta, y los valores por defecto son un punto de partida, no tu disolución amortiguadora de trabajo.
- Lee la tabla. Cada fila muestra con qué se calculó su propia cifra, así que se pueden comparar dos cebadores sin dudar de qué ajustes llevaba cada uno.
Conviene saber
- El modelo son los parámetros de vecino más próximo de SantaLucia (1998) con la corrección salina del mismo trabajo, aplicada a ΔS. La corrección usa el magnesio que queda después de que los dNTP lo quelen.
- Son valores predichos. La temperatura de fusión real depende de la secuencia, de la disolución amortiguadora y de cómo se mida, así que confírmala experimentalmente cuando importe.
- Los caracteres que no son A, C, G o T se retiran y se cuentan en lugar de desaparecer sin más, porque una letra de menos cambia todas las posiciones siguientes.
Preguntas frecuentes
Las demás herramientas de secuencias
- Complemento inverso de ADN — Invierte, complementa o calcula el complemento inverso de una secuencia de nucleótidos.
- Calculadora de contenido de GC — Contenido de GC y AT, sesgo, y GC a lo largo de la secuencia.
- Alineamiento múltiple de secuencias — Alinea una familia de secuencias y lee las columnas conservadas.