Cómo se usa
- Introduce el volumen de un gel en mL y el porcentaje objetivo. El porcentaje aquí es peso por volumen, así que el 1% significa 1 g de agarosa en 100 mL de amortiguador.
- ¿Vas a verter más de un gel? Sube el número: el volumen y la masa escalan juntos.
- Elige el amortiguador de electroforesis concentrado que tengas. Están puestos el TAE 50×, el TBE 10× y el TBE 5×; para cualquier otro, introduce tú el factor.
- Introduce el factor de tu colorante concentrado y aparecerá también su volumen. El colorante sale del agua y no se añade encima, así que el total se queda en el volumen que has pedido.
- Introduce el tamaño del fragmento en bp y la tabla de abajo marcará todos los porcentajes que lo resuelven.
Fórmula y notas prácticas
Un gel de agarosa tamiza el ADN por el tamaño de los poros. Más agarosa significa poros más cerrados y mejor separación de los fragmentos pequeños; menos agarosa abre los poros para los grandes. Por eso «qué porcentaje necesito» lo responde una tabla y no una fórmula.
La aritmética
Cuatro líneas, y el volumen total es el volumen de un gel por el número de geles.
- Agarosa (g)
- % objetivo ÷ 100 × volumen total (mL)
- Amortiguador concentrado (mL)
- volumen total ÷ factor del concentrado
- Colorante (μL)
- volumen total ÷ factor del colorante × 1000
- Agua (mL)
- volumen total − amortiguador concentrado − colorante
Notas prácticas
- El bromuro de etidio (EtBr) es un presunto mutágeno. Usa guantes y trata el gel, el amortiguador de electroforesis, el peine y la bandeja como material contaminado. Verterlo dentro del gel es cómodo, pero contamina la cubeta y frena el ADN lineal alrededor de un 15%; teñir después de la carrera gasta menos y mantiene la cubeta limpia.
- La concentración que se suele citar para el EtBr es un final de 0.5 μg/mL. Esta calculadora no trae a propósito ningún colorante por defecto: introduce el factor impreso en el frasco que tengas.
- El TAE tiene menos capacidad amortiguadora que el TBE y se agota antes en una carrera larga. El TBE da bandas más nítidas y se recomienda sobre todo por debajo de 1 kb, pero sus iones borato forman complejos con los azúcares y hacen que el ADN sea más difícil de recuperar del gel. Para un gel que pienses cortar y purificar, el TAE es la elección más fácil.
- Usa agarosa ultrapura. Los polisacáridos, las sales y las proteínas distorsionan todos la migración, y el efecto crece con el porcentaje.
- Esto es aritmética sobre volúmenes y masas. Lo que un gel resuelve de verdad depende además del voltaje, del tiempo de carrera y del equipo, así que toma los rangos de la tabla como punto de partida.
Preguntas frecuentes
Se usan a menudo juntas
Recetas de geles SDS-PAGE
Introduce porcentaje, número de geles y grosor; obtén las recetas del gel separador y del gel concentrador, además del porcentaje adecuado para el tamaño de tu proteína.
Concentración de ADN/ARN (A260)
Calcula la concentración de ácido nucleico, el rendimiento y los cocientes de pureza A260/A280 y A260/A230.
Diseñador de placas de PCR y master mix
Distribuye una placa de 96 pocillos y obtén los volúmenes de mezcla que le corresponden, en una sola página imprimible.