사용 방법
- 젤 한 장의 부피(mL)와 목표 농도(%)를 넣습니다. 여기서 %는 무게/부피 백분율이라, 1%는 버퍼 100 mL에 아가로스 1 g이라는 뜻입니다.
- 젤을 여러 장 부을 때는 장수를 올립니다. 부피와 무게가 함께 늘어납니다.
- 가지고 있는 러닝버퍼 원액을 고릅니다. 50× TAE, 10× TBE, 5× TBE가 준비돼 있고, 다른 것을 쓴다면 배수를 직접 넣으면 됩니다.
- 염색약 원액의 농축배수를 넣으면 넣을 부피가 함께 나옵니다. 염색약 부피는 증류수에서 빼기 때문에 총 부피는 처음 넣은 값 그대로입니다.
- 분리하려는 DNA 크기(bp)를 넣으면 아래 표에서 그 크기를 다룰 수 있는 농도에 표시가 붙습니다.
공식 설명 및 주의사항
아가로스 젤은 그물의 구멍 크기로 DNA를 거릅니다. 아가로스를 많이 넣을수록 구멍이 촘촘해져 작은 단편이 잘 갈리고, 적게 넣을수록 큰 단편이 갈립니다. 그래서 “몇 %를 쓸까”는 계산이 아니라 표를 보는 일입니다.
계산식
네 줄이 전부입니다. 총 부피는 젤 한 장 부피에 장수를 곱한 값입니다.
- 아가로스 무게 (g)
- 목표 농도(%) ÷ 100 × 총 부피(mL)
- 러닝버퍼 원액 (mL)
- 총 부피 ÷ 원액 배수
- 염색약 (μL)
- 총 부피 ÷ 농축배수 × 1000
- 증류수 (mL)
- 총 부피 − 러닝버퍼 원액 − 염색약
실무 주의사항
- 에티듐 브로마이드(EtBr)는 변이원으로 의심되는 물질입니다. 장갑을 끼고 다루고, 젤과 러닝버퍼·빗·트레이까지 오염 처리 대상으로 보세요. 젤에 미리 넣는 방법은 편한 대신 장비를 오염시키고 선형 DNA의 이동을 15% 정도 늦춥니다. 전기영동이 끝난 뒤 담가 염색하면 장비 오염과 사용량을 줄일 수 있습니다.
- EtBr을 쓸 때 흔히 쓰는 농도는 최종 0.5 μg/mL입니다. 이 계산기는 특정 염색약을 기본값으로 두지 않습니다 — 가지고 있는 제품의 농축배수를 넣어 주세요.
- TAE는 완충 능력이 TBE보다 낮아 오래 돌리면 먼저 소진됩니다. TBE는 밴드가 더 또렷하고 특히 1 kb 미만을 볼 때 유리하지만, 붕산이 당과 착물을 만들어 젤에서 DNA를 회수하기 어렵게 만듭니다. 잘라내서 정제할 젤이면 TAE 쪽이 무난합니다.
- 아가로스는 순도가 높은 것을 쓰세요. 다당류·염·단백질 같은 불순물이 이동을 흐트러뜨리고, 고농도 젤일수록 그 영향이 큽니다.
- 이 계산은 부피와 무게의 산수일 뿐, 젤이 실제로 얼마나 갈리는지는 전압·러닝 시간·장비에 따라 달라집니다. 표의 범위는 출발점으로 쓰세요.
자주 묻는 질문
분리하려는 단편 크기로 정합니다. 계산기에 크기(bp)를 넣으면 표에서 쓸 수 있는 농도에 표시가 붙습니다. 대략 큰 단편(10 kb 이상)은 0.5–0.7%, 흔한 PCR 산물(0.5–10 kb)은 1%, 작은 단편(1 kb 미만)은 1.5–2%입니다.
무게/부피(w/v) 기준입니다. 1% 젤은 버퍼 100 mL에 아가로스 1 g입니다. 이 계산기도 그렇게 계산합니다.
됩니다. 원액 종류를 바꾸면 넣을 원액 부피가 바뀔 뿐 아가로스 무게는 같습니다. TBE 원액은 5×로 만들어 두는 곳도 있어 세 가지를 모두 넣어 두었습니다. 다른 배수를 쓰면 직접 입력하세요.
아가로스를 다 녹인 뒤 손으로 잡을 수 있을 만큼 식혀서 붓기 직전에 넣습니다. 끓는 상태에서 넣으면 염색약이 상하고 증기로 날아갑니다.
가장 가까운 행으로 답하고, 그것이 표에 없는 값이라는 것을 함께 알려 줍니다. 0.3–2.0% 밖이면 분리 범위를 말하지 않습니다 — 짐작으로 채우지 않기 위해서입니다.