사용 방법
- ImageJ에서 표적 밴드와 로딩 컨트롤 밴드의 밝기를 잽니다. 배경은 여기서 미리 빼 주세요.
- 레인 이름·표적 밝기·로딩 컨트롤 밝기를 한 줄씩 붙여 넣습니다.
- 반복을 묶으려면 네 번째 칸에 그룹 이름을 함께 넣습니다.
- 대조군을 고릅니다. 모든 배수가 이 그룹의 평균을 1로 두고 계산됩니다.
- 표의 1단계 칸과 2단계 칸을 함께 보세요. 옆의 「보정 없이」 칸은 1단계를 건너뛰었을 때 나왔을 값입니다.
공식과 주의사항
계산은 나눗셈 두 번입니다. 어려운 것은 계산이 아니라 순서입니다.
1단계 — 레인마다 자기 로딩 컨트롤로 나눈다
레인마다 실린 양이 다르므로, 표적 밝기를 그 레인의 로딩 컨트롤 밝기로 나눕니다. 이 값은 「같은 양을 실었다면 얼마였을까」에 해당합니다.
- 정규화값
- 표적 ÷ 로딩 컨트롤
2단계 — 대조군 평균으로 나눈다
1단계 값을 대조군 레인들의 1단계 평균으로 나눕니다. 대조군이 1이 되고 나머지가 그에 대한 배수가 됩니다.
- 배수
- 정규화값 ÷ 대조군 정규화값 평균
주의사항
- 출처는 두 단계를 「표적 × (대조군 로딩 ÷ 이 레인 로딩)」으로 적습니다. 여기서는 「표적 ÷ 이 레인 로딩」으로 씁니다. 두 식은 대조군 로딩이라는 상수 하나만큼 다르고 그 상수는 2단계에서 모든 레인에 똑같이 나뉘어 사라지므로, 최종 배수는 완전히 같습니다.
- 밝기는 배경을 뺀 값이어야 합니다. 그리고 포화되지 않은 이미지에서 재야 합니다 — 포화된 밴드는 실제보다 작은 차이를 보여 줍니다.
- 로딩 컨트롤의 흩어짐은 CV로 보여 주지만 합격·불합격 선은 긋지 않습니다. 1차 문헌에서 그 기준값을 찾지 못했고, 근거 없는 숫자를 기준선처럼 두지 않는 것이 이 사이트의 방침입니다.
- 하우스키핑 단백질은 레인당 약 4 μg을 넘기면 막이 포화되는 경우가 많습니다(Taylor & Posch, 2014). 로딩 컨트롤이 포화되면 실린 양이 달라도 밝기가 같아 보여서, 정규화가 오히려 차이를 지웁니다.
- 「보정 없이」 칸은 참고용이며 보고에 쓰는 값이 아닙니다. 1단계를 건너뛰면 얼마나 달라지는지 보여 주려고 둔 것입니다.
자주 묻는 질문
네. 먼저 대조군으로 나누고 나중에 로딩으로 나누면 레인마다 다른 상수로 나누는 셈이 되어 값이 달라집니다. 표의 「보정 없이」 칸이 1단계를 아예 건너뛰었을 때의 값이니, 두 칸을 비교해 보시면 크기를 바로 아실 수 있습니다.
됩니다. 계산은 같습니다 — 세 번째 칸에 총단백질 신호를 넣으시면 됩니다. 총단백질 쪽이 하우스키핑 단백질보다 포화 문제에서 자유롭다는 점이 보고돼 있습니다.
그 레인들의 1단계 값을 평균 내서 기준으로 씁니다. 그래서 대조군 레인 하나하나의 배수는 정확히 1이 아니라 1 근처에 흩어지고, 그 흩어짐이 바로 이 실험의 재현성입니다.
배경이 남아 있으면 약한 밴드일수록 상대적으로 더 부풀려집니다. 이 도구는 배경이 빠졌는지 알 수 없으므로 확인해 드릴 수 없습니다. ImageJ에서 먼저 빼 주세요.