사용 방법
- 액체 배양액 부피와 실제로 도말한 부피를 입력합니다. 배양액 1 mL에서 100 µL를 도말했다면 1000과 100입니다.
- 시료 플레이트의 콜로니 수와 형질전환에 투입한 DNA 양(ng)을 입력합니다.
- 대조군 플레이트를 함께 배양했다면 각각의 콜로니 수를 입력합니다. 많이 입력할수록 판정이 정확해집니다.
- 컴피턴트 셀 튜브에 기재된 효율을 입력하면 양성 대조군과 비교해 줍니다.
- 아래 「이 숫자들이 말하는 것」을 확인합니다. 각 문장에 근거가 된 수치가 함께 기재되어 있습니다.
공식과 주의사항
계산은 「플레이트에 실제로 올라간 DNA가 얼마인가」를 역산하는 것뿐입니다.
환산
계수한 것은 도말한 분량이므로, 액체 배양액 부피 전체로 환원한 뒤 DNA 양으로 나눕니다.
- 전체 콜로니
- 콜로니 × (액체 배양액 부피 ÷ 도말 부피) × 희석 배수
- 효율
- 전체 콜로니 ÷ (DNA ng ÷ 1000) cfu/µg
대조군이 가리키는 곳
각 플레이트는 서로 다른 단계를 검증합니다. 콜로니가 어디에 집중되어 있는지가 곧 문제 지점입니다.
- 음성(DNA 없음)
- 항생제 · 플레이트 · 오염
- 자르기만
- 제한효소 절단이 덜 됨
- 벡터만
- 벡터 자가 재결합 — 탈인산화 필요
- 양성
- 컴피턴트 셀 · 열충격
주의사항
- 이 도구는 합격 기준선을 제시하지 않습니다. 「몇 cfu/µg 이상이면 양호하다」는 기준값을 1차 문헌에서 확보하지 못했고, 임의로 만들지 않았습니다.
- 대신 플레이트 간 비교를 제공합니다. 「배경이 시료의 60 %」는 기준값이 아니라 산술 결과이며, 선택하는 콜로니 5개 중 3개가량이 목표가 아니라는 뜻입니다.
- 양성 대조군은 사용하시는 컴피턴트 셀의 표기 효율과 비교합니다. 그 값은 튜브에 기재되어 있으며, 이 도구가 임의로 정한 수치가 아닙니다.
- 액체 배양액 부피·도말 부피·희석 배수는 모든 플레이트에 동일하게 적용됩니다. 플레이트마다 달랐다면 나누어 계산하세요.
- 콜로니가 너무 많아 계수할 수 없는 플레이트(TNTC)의 값은 입력하지 마세요. 계수 가능한 플레이트가 없으면 추가 희석 후 재도말하는 편이 빠릅니다.
- 효율은 형질전환 조건에도 크게 좌우됩니다. 열충격 시간, 회수 배양 시간, 플레이트 건조 정도가 영향을 주며, 같은 셀이라도 매일 달라집니다.
자주 묻는 질문
가능합니다. 효율은 그대로 산출됩니다. 다만 「왜 나오지 않는지」는 대조군이 있어야 답할 수 있으며, 그 점이 이 도구를 다른 계산기와 구분하는 부분입니다.
인서트 없이 라이게이션한 「벡터만」이 가장 유용합니다. 자가 재결합이 가장 흔하고 가장 감지하기 어려운 실패이기 때문입니다. 그다음이 리가아제 없는 「자르기만」입니다.
라이게이션 산물의 효율은 온전한 플라스미드보다 몇 자릿수 낮은 것이 일반적입니다. 그래서 이 도구는 시료의 절대값에 등급을 매기지 않고, 양성 대조군만 셀 표기값과 비교합니다.
액체 배양액을 그대로 도말하지 않고 추가로 희석해 도말한 경우입니다. 10배 희석해 도말했다면 10을 입력하세요. 희석하지 않았다면 1입니다.