사용 방법
- 회수 배양 부피와 실제로 도말한 부피를 적습니다. 1 mL 회수 후 100 µL 도말이면 1000 과 100 입니다.
- 시료 플레이트의 콜로니 수와 형질전환에 넣은 DNA 양(ng)을 적습니다.
- 대조군 플레이트를 함께 걸었다면 각각의 콜로니 수를 적습니다. 넣을수록 판정이 정확해집니다.
- 컴피턴트 셀 튜브에 적힌 효율을 넣으면 양성 대조군과 비교해 줍니다.
- 아래 「이 숫자들이 말하는 것」을 읽습니다. 각 문장에 근거가 된 숫자가 함께 적혀 있습니다.
공식과 주의사항
계산은 「플레이트에 실제로 올라간 DNA 가 얼마인가」를 되짚는 것뿐입니다.
환산
센 것은 도말한 만큼이므로, 회수 부피 전체로 되돌린 뒤 DNA 양으로 나눕니다.
- 전체 콜로니
- 콜로니 × (회수 부피 ÷ 도말 부피) × 희석 배수
- 효율
- 전체 콜로니 ÷ (DNA ng ÷ 1000) cfu/µg
대조군이 가리키는 곳
각 플레이트는 서로 다른 단계를 검사합니다. 어디에 콜로니가 몰려 있는지가 곧 어디가 문제인지입니다.
- 음성(DNA 없음)
- 항생제 · 플레이트 · 오염
- 자르기만
- 제한효소 절단이 덜 됨
- 벡터만
- 벡터 자가 재결합 — 탈인산화 필요
- 양성
- 컴피턴트 셀 · 열충격
주의사항
- 이 도구는 합격선을 긋지 않습니다. 「몇 cfu/µg 이상이면 좋다」는 기준값을 1차 문헌에서 구하지 못했고, 지어내지 않았습니다.
- 대신 플레이트끼리 비교합니다. 「배경이 시료의 60 %」는 기준값이 아니라 산술이고, 고르는 콜로니 다섯 중 셋쯤이 헛것이라는 뜻입니다.
- 양성 대조군은 쓰시는 컴피턴트 셀의 표기 효율과 비교합니다. 그 값은 튜브에 적혀 있고, 이 도구가 고른 숫자가 아닙니다.
- 회수 부피·도말 부피·희석 배수는 모든 플레이트에 같게 적용됩니다. 플레이트마다 달랐다면 나눠서 계산하세요.
- 콜로니가 너무 많아 셀 수 없는 플레이트(TNTC)의 값은 넣지 마세요. 셀 수 있는 플레이트가 없으면 희석을 더 해서 다시 도말하는 편이 빠릅니다.
- 효율은 형질전환 조건에도 크게 좌우됩니다 — 열충격 시간, 회수 배양 시간, 플레이트를 말린 정도. 같은 셀이라도 날마다 달라집니다.
자주 묻는 질문
됩니다. 효율은 그대로 나옵니다. 다만 「왜 안 나오는지」는 대조군이 있어야 답할 수 있고, 그것이 이 도구를 다른 계산기와 가르는 부분입니다.
인서트 없이 라이게이션한 「벡터만」이 가장 값이 큽니다. 자가 재결합은 가장 흔하고 가장 조용한 실패라서요. 그다음이 리가아제 없는 「자르기만」입니다.
라이게이션한 산물의 효율은 온전한 플라스미드보다 몇 자릿수 낮은 것이 보통입니다. 그래서 이 도구는 시료의 절대값에 등급을 매기지 않고, 양성 대조군만 셀 표기값과 비교합니다.
회수 배양물을 그대로 도말하지 않고 한 번 더 묽혀서 도말했을 때입니다. 10배 희석해서 도말했으면 10을 넣으세요. 안 했으면 1입니다.