사용 방법
- 분리젤 농도를 고릅니다. 목록의 네 농도에는 출처가 권장하는 단백질 크기 범위가 함께 붙어 있고, 다른 농도가 필요하면 「직접 입력」을 골라 옆 칸에 넣으면 됩니다.
- 부을 젤 장수를 넣습니다. 이 칸이 비어 있으면 아직 아무 결과도 보이지 않습니다.
- 스페이서 두께를 고릅니다. Bio-Rad Mini-PROTEAN 카세트를 가득 채우는 부피가 옆 칸에 들어갑니다. 대형 젤이라면 그 칸에 카세트 부피를 직접 넣으세요.
- 분리젤 비율과 여유율을 확인합니다. 기본값 75 %와 10 %는 저희가 정한 값이라, 쓰시는 콤이 깊거나 얕으면 바꾸는 편이 맞습니다.
- 단백질 크기(kDa)를 넣으면 아래 표에서 그 크기를 다루는 농도에 표시가 붙습니다.
- 결과의 두 표를 순서대로 만듭니다. APS와 TEMED는 마지막에, 붓기 직전에 넣습니다.
공식 설명 및 주의사항
폴리아크릴아마이드 젤은 아크릴아마이드가 그물을 짜면서 굳고, 그 그물코 크기가 단백질을 거릅니다. 아크릴아마이드를 많이 넣을수록 촘촘해져 작은 단백질이 잘 갈립니다. 조성 자체는 비율 몇 개가 전부라, 어느 부피로도 같은 규칙으로 늘리고 줄일 수 있습니다.
한 층의 조성
총 부피가 정해지면 네 시약의 양이 비율로 따라옵니다. 증류수는 나머지입니다.
- 30 % 아크릴아마이드/비스 (mL)
- 총 부피 × 농도(%) ÷ 30
- 젤 버퍼 (mL)
- 총 부피 × 0.25
- 10 % SDS (mL)
- 총 부피 × 0.01
- 증류수 (mL)
- 총 부피 − 아크릴아마이드 − 버퍼 − SDS
- 10 % APS (μL)
- 총 부피(mL) × 5
- TEMED (μL)
- 분리젤 총 부피(mL) × 0.5 · 농축젤 총 부피(mL) × 1
얼마나 만들까
카세트 부피를 두 층으로 나누고, 장수를 곱한 뒤 여유율을 얹습니다.
- 분리젤 총량 (mL)
- 카세트 부피 × 분리젤 비율 × 장수 × (1 + 여유율)
- 농축젤 총량 (mL)
- 카세트 부피 × (1 − 분리젤 비율) × 장수 × (1 + 여유율)
주의사항
- ⚠️ 아크릴아마이드와 비스아크릴아마이드는 용액 상태에서 신경독입니다. 중합되고 나면 위험이 크게 줄지만 미중합 단량체가 남아 있을 수 있으니, 굳은 젤도 장갑을 끼고 다루세요.
- 젤 버퍼는 층마다 다릅니다. 분리젤은 1.5 M Tris-HCl pH 8.8, 농축젤은 0.5 M Tris-HCl pH 6.8입니다. 바꿔 넣으면 띠가 모이지 않습니다.
- APS는 매일 새로 만드는 것이 좋고, TEMED는 산화되면 촉매 활성이 떨어지므로 석 달마다 바꾸라고 출처가 권합니다.
- 촉매 농도가 어긋나면 웰이 제대로 안 생기거나 콤 뒤에 아크릴아마이드가 남습니다. 출처는 이 경우 농축젤의 촉매를 APS 0.06 %, TEMED 0.12 %로 올리라고 안내합니다.
- 카세트 부피 표는 Bio-Rad Mini-PROTEAN 기준이고, 「카세트를 완전히 채우는 데 필요한 부피」입니다. 콤을 꽂는지, 농축젤을 얹는지에 따라 실제로 쓰는 양은 달라진다고 출처가 함께 적어 두었습니다.
- 대형 젤의 카세트 부피는 1차 문서를 확보하지 못해 표에 넣지 않았습니다. 짐작한 값을 싣는 대신 직접 넣을 수 있게 두었습니다.
- 분리젤 비율 75 %와 여유율 10 %는 저희가 정한 기본값입니다. 출처가 말한 값이 아니라는 뜻이니, 근거가 필요한 자리에는 그대로 인용하지 마세요.
자주 묻는 질문
보고 싶은 단백질 크기로 정합니다. 위 표에 단백질 크기(kDa)를 넣으면 그 크기를 다루는 농도에 표시가 붙습니다. 큰 단백질일수록 낮은 농도, 작은 단백질일수록 높은 농도입니다. 크기 폭이 넓은 시료라면 단일 농도 대신 그래디언트 젤이 낫습니다.
됩니다. 조제표는 어느 농도에서도 같은 비율로 나옵니다. 다만 kDa 권장 범위는 출처 표에 있는 네 농도에만 있어서, 그 밖의 농도에서는 범위를 말하지 않습니다. 없는 값을 사이에서 만들어 내지 않기 위해서입니다.
농축젤은 단백질을 가르는 층이 아니라 한 줄로 모으는 층입니다. 구멍이 크고 pH가 낮아 시료가 분리젤 입구에 얇은 띠로 쌓이게 만듭니다. 그래서 농도는 낮게 고정하고, 대신 버퍼를 0.5 M Tris-HCl pH 6.8로 바꿉니다.
기본값은 10 %로 두었습니다. 피펫과 비커에 남는 양, 붓다가 흘리는 양을 덮기 위한 것이라 젤이 많을수록 비율은 줄여도 됩니다. 이 값은 저희가 정한 것이고 출처에서 온 수치가 아닙니다.
출처가 드는 원인은 APS·TEMED가 너무 적거나 너무 많은 경우, 탈기를 안 한 경우, 온도가 낮은 경우, 아크릴아마이드 품질이 나쁜 경우, APS가 오래된 경우입니다. APS는 그날 만든 것을 쓰고, 실온에서 캐스팅하며, 탈기를 10–15분 하라고 권합니다.