사용 방법
- 분리젤 농도를 선택합니다. 목록의 네 농도에는 출처가 권장하는 단백질 크기 범위가 함께 표시되며, 다른 농도가 필요하면 「직접 입력」을 선택해 옆 칸에 입력하면 됩니다.
- 제작할 젤 장수를 입력합니다. 이 칸이 비어 있으면 결과가 표시되지 않습니다.
- 스페이서 두께를 선택합니다. Bio-Rad Mini-PROTEAN 카세트를 가득 채우는 부피가 옆 칸에 자동 입력됩니다. 대형 젤이라면 해당 칸에 카세트 부피를 직접 입력하세요.
- 분리젤 비율과 여유율을 확인합니다. 기본값 75 %와 10 %는 이 도구의 설정값이므로, 사용하시는 콤이 깊거나 얕으면 조정하시는 편이 좋습니다.
- 단백질 크기(kDa)를 입력하면 아래 표에서 해당 크기를 다루는 농도에 표시가 붙습니다.
- 결과의 두 표를 순서대로 조제합니다. APS와 TEMED는 마지막에, 붓기 직전에 첨가합니다.
공식 설명 및 주의사항
폴리아크릴아마이드 젤은 아크릴아마이드가 그물망을 형성하며 응고하고, 그 공극 크기가 단백질을 분리합니다. 아크릴아마이드 농도가 높을수록 공극이 조밀해져 작은 단백질이 잘 분리됩니다. 조성은 몇 가지 비율이 전부이므로, 어느 부피에서도 동일한 규칙으로 증감할 수 있습니다.
한 층의 조성
총 부피가 정해지면 네 시약의 양이 비율에 따라 결정됩니다. 증류수는 나머지 부피입니다.
- 30 % 아크릴아마이드/비스 (mL)
- 총 부피 × 농도(%) ÷ 30
- 젤 버퍼 (mL)
- 총 부피 × 0.25
- 10 % SDS (mL)
- 총 부피 × 0.01
- 증류수 (mL)
- 총 부피 − 아크릴아마이드 − 버퍼 − SDS
- 10 % APS (μL)
- 총 부피(mL) × 5
- TEMED (μL)
- 분리젤 총 부피(mL) × 0.5 · 농축젤 총 부피(mL) × 1
조제량 산출
카세트 부피를 두 층으로 배분하고, 장수를 곱한 뒤 여유율을 더합니다.
- 분리젤 총량 (mL)
- 카세트 부피 × 분리젤 비율 × 장수 × (1 + 여유율)
- 농축젤 총량 (mL)
- 카세트 부피 × (1 − 분리젤 비율) × 장수 × (1 + 여유율)
주의사항
- ⚠️ 아크릴아마이드와 비스아크릴아마이드는 용액 상태에서 신경독성 물질입니다. 중합 후에는 위험이 크게 감소하지만 미중합 단량체가 잔존할 수 있으므로, 응고된 젤도 장갑을 착용하고 취급하세요.
- 젤 버퍼는 층마다 다릅니다. 분리젤은 1.5 M Tris-HCl pH 8.8, 농축젤은 0.5 M Tris-HCl pH 6.8입니다. 바꿔 넣으면 밴드가 집속되지 않습니다.
- APS는 매일 새로 조제하는 것이 좋고, TEMED는 산화되면 촉매 활성이 저하되므로 3개월마다 교체하라고 출처가 권장합니다.
- 촉매 농도가 맞지 않으면 웰이 제대로 형성되지 않거나 콤 뒤에 아크릴아마이드가 잔류합니다. 출처는 이 경우 농축젤의 촉매를 APS 0.06 %, TEMED 0.12 %로 올리라고 안내합니다.
- 카세트 부피 표는 Bio-Rad Mini-PROTEAN 기준이며, 「카세트를 완전히 채우는 데 필요한 부피」입니다. 콤 삽입 여부와 농축젤 적층 여부에 따라 실제 사용량은 달라진다고 출처가 함께 명시하고 있습니다.
- 대형 젤의 카세트 부피는 1차 출처를 확보하지 못해 표에서 제외했습니다. 추정값을 싣는 대신 직접 입력할 수 있도록 두었습니다.
- 분리젤 비율 75 %와 여유율 10 %는 이 도구의 기본값입니다. 출처에서 제시한 값이 아니므로, 근거가 필요한 자리에는 인용하지 마세요.
자주 묻는 질문
분석하려는 단백질 크기로 결정합니다. 위 표에 단백질 크기(kDa)를 입력하면 해당 크기를 다루는 농도에 표시가 붙습니다. 큰 단백질일수록 낮은 농도, 작은 단백질일수록 높은 농도를 사용합니다. 크기 범위가 넓은 시료라면 단일 농도보다 그래디언트 젤이 적합합니다.
가능합니다. 조제표는 어느 농도에서도 동일한 비율로 산출됩니다. 다만 kDa 권장 범위는 출처 표의 네 농도에만 존재하므로, 그 밖의 농도에서는 범위를 제시하지 않습니다. 없는 값을 임의로 보간하지 않기 위해서입니다.
농축젤은 단백질을 분리하는 층이 아니라 한 줄로 집속하는 층입니다. 공극이 크고 pH가 낮아 시료가 분리젤 입구에 얇은 밴드로 쌓이게 만듭니다. 그래서 농도는 낮게 고정하고, 대신 버퍼를 0.5 M Tris-HCl pH 6.8로 변경합니다.
기본값은 10 %입니다. 피펫과 비커에 잔류하는 양, 주입 중 손실을 보전하기 위한 것이라 젤 수량이 많을수록 비율은 줄여도 됩니다. 이 값은 이 도구의 설정이며 출처에서 인용한 수치가 아닙니다.
출처가 제시하는 원인은 APS·TEMED 과소·과다, 탈기 미실시, 저온, 아크릴아마이드 품질 불량, APS 노후화입니다. APS는 당일 조제한 것을 사용하고, 실온에서 캐스팅하며, 탈기를 10–15분 실시하라고 권장합니다.