사용 방법
- 벡터의 길이와 농도, 반응에 투입할 양(ng)을 입력합니다.
- 조립 방식을 선택합니다. 인서트가 하나면 3 : 1, 여러 조각을 한 번에 연결하면 등몰이 기본값입니다.
- 인서트를 한 행에 하나씩 붙여넣습니다. 행마다 몰비를 개별 지정하려면 네 번째 칸에 입력하세요.
- 반응 부피·버퍼 배수·리가아제 부피를 확인합니다. 기본값은 20 µL · 10× · 1 µL입니다.
- 표에 표시된 순서대로 피펫팅합니다. 물이 가장 많으므로 먼저 넣고 리가아제를 마지막에 첨가합니다.
공식과 주의사항
몰비를 맞추는 것은 나눗셈 한 번이며, 나머지는 튜브를 채우는 작업입니다.
몰수로 바꾸기
염기쌍 하나의 평균 질량이 정해져 있으므로 길이와 질량만 알면 몰수가 산출됩니다. 이 사이트의 ng ↔ pmol 변환기와 동일한 평균값을 사용합니다.
- pmol
- ng × 1000 / (bp × 650)
- 1 pmol 의 질량
- bp × 650 / 1000 ng
인서트 양
인서트의 몰수를 벡터 몰수에 몰비를 곱해 결정하고, 그것을 다시 질량과 부피로 환산합니다.
- 인서트 pmol
- 벡터 pmol × 몰비
- 인서트 ng
- 인서트 pmol × 길이 × 650 / 1000
- 인서트 µL
- 인서트 ng ÷ 농도
튜브 채우기
버퍼 부피는 표에서 찾는 것이 아니라 배수에서 산출됩니다. 10× 버퍼는 10분의 1을 넣으면 1×가 됩니다.
- 버퍼 µL
- 반응 부피 ÷ 버퍼 배수
- 물 µL
- 반응 부피 − DNA − 버퍼 − 리가아제
주의사항
- 물이 음수가 되면 계산하지 않고 초과량을 안내합니다. DNA 농도가 낮을 때 발생하며, 투입할 벡터 양(ng)을 줄이는 것이 가장 간단한 해결책입니다.
- 3 : 1은 「인서트가 벡터보다 작은」 표준 클로닝의 출발점입니다(Addgene). 인서트가 크거나 평활말단이면 비율을 바꿔 가며 여러 반응을 수행하는 것이 일반적입니다.
- 여러 조각을 한 번에 연결할 때는 등몰이 기본입니다. Addgene은 5조각을 초과하면 성공률이 급격히 낮아지는 것을 경험한 실험실들이 있다고 기술하고 있습니다.
- 염기쌍당 650 g/mol은 평균값입니다. 조각이 짧을수록 실제 조성에서 벗어나며, 이 오차는 몰비에 그대로 반영됩니다.
- 리가아제는 마지막에 첨가하고 볼텍싱하지 않습니다. 글리세롤이 포함되어 층이 분리되므로 피펫으로 부드럽게 혼합합니다.
- 이 계산은 「무엇을 얼마나 넣을지」까지입니다. 온도·시간·평활말단 여부는 사용하시는 효소의 설명서를 따르세요.
자주 묻는 질문
인서트 3 대 벡터 1입니다. 질량비가 아니라 몰비이므로, 인서트가 벡터보다 짧으면 실제 투입하는 ng은 벡터보다 적습니다. 표의 pmol 칸에서 비율이 맞는지 바로 확인할 수 있습니다.
DNA 부피가 이미 반응 부피를 초과했다는 뜻입니다. 투입할 벡터 양(ng)을 줄이는 것이 가장 간단하고 대개 충분합니다. 그래도 해결되지 않으면 반응 부피를 늘리거나 DNA를 농축하세요.
조립 방식을 「인서트 여러 개」로 변경하고 목록에 한 행씩 입력하면 됩니다. 기본값은 등몰이며, 행마다 다른 비율을 지정하려면 네 번째 칸에 입력하세요.
버퍼 배수 칸에 5를 입력하면 됩니다. 20 µL 반응이면 4 µL가 산출됩니다. 표에서 찾는 것이 아니라 배수에서 계산합니다.
참고문헌
반응 조성과 기본값의 출처입니다. ng ↔ pmol 산술은 정의이고 염기쌍당 평균 분자량은 ng ↔ pmol 변환기의 값을 그대로 가져옵니다.
- Addgene. Protocol — DNA Ligation (How to Ligate Plasmid DNA). Read 2026-08-21.https://www.addgene.org/protocols/dna-ligation/10 µL 반응의 조성(10× 버퍼 1 µL 또는 5× 버퍼 2 µL · T4 리가아제 0.5–1 µL · 물로 10 µL), 표준 클로닝의 인서트 : 벡터 = 3 : 1, 총 DNA 100 ng 부근
- Addgene. Protocol — Gibson Assembly. Read 2026-08-21.https://www.addgene.org/protocols/gibson-assembly/여러 조각을 붙일 때의 등몰 기본값(「조각들이 등몰일 때 수율이 가장 좋다」)과, 다섯 조각을 넘으면 성공률이 급격히 떨어진다는 관찰의 경고
NEB의 프로토콜 페이지는 이 값을 옮길 당시 접속되지 않아(봇 확인 화면) 사용하지 않았습니다. Golden Gate 전용 문서는 확보하지 못해 등몰 기본값의 근거는 Gibson 문서 하나입니다.