配列解析
DNA タンパク質翻訳ツール
6 つの読み枠で翻訳し、ORF を探します。NCBI の遺伝暗号表はすべて選べます。
例が入っています。ここを押すと消えます。
例:
設定
翻訳の前にギャップと数字を取り除き、U は T として読みます。あいまい塩基のどの組み合わせでも同じアミノ酸になる場合はそのアミノ酸に、そうでなければ X にします。ORF の位置は貼り付けた配列を基準に数えるので、マイナス鎖では数字が減っていきます。
6 つの読み枠
+1GTRSRPWLAIDMKQTHLVDRAFSNGWIEPCYKTLVGDAHNRQSEIFMWPKLTVGADYNRHQSCEIFLM*AAA*LRIL*SR
+2VPGLDHG*RSI*NRLILWIVLSATDGSNHVTKLLWEMLITVRAKSSCGQNLLWELITTVIRAVKSSLCKRPLN*GSSRVD
+3YQV*TMVSDRYETDSSCGSCFQQRMDRTMLQNSCGRCS*PSERNLHVAKTYCGS*LQPSSEL*NLPYVSGRLIKDPLES
-1VDSRGSLIKRPLT*GRFHSSDDGCNQLPQ*VLAT*RFRSDGYEHLPQEFCNMVRSIRC*KHDPQDESVSYRSLTMV*TWY
-2STLEDP*LSGRLHKEDFTALMTVVISSHSKFWPHEDFALTVMSISHKSFVTWFDPSVAESTIHKMSLFHIDR*PWSRPGT
-3RL*RILN*AAAYIRKISQL**RL*SAPTVSFGHMKISL*RL*ASPTRVL*HGSIHPLLKARSTR*VCFISIANHGLDLV
ORF (4)
| 読み枠 | 位置 | 長さ (nt) | 開始 | タンパク質 |
|---|---|---|---|---|
| +1 | 34..207 | 174 | ATG | MKQTHLVDRAFSNGWIEPCYKTLVGDAHNRQSEIFMWPKLTVGADYNRHQSCEIFLM |
| -2 | 180..22 | 159 | ATG | MTVVISSHSKFWPHEDFALTVMSISHKSFVTWFDPSVAESTIHKMSLFHIDR |
| +2 | 110..223 | 114 | ATG | MLITVRAKSSCGQNLLWELITTVIRAVKSSLCKRPLN |
| +3 | 18..119 | 102 | ATG | MVSDRYETDSSCGSCFQQRMDRTMLQNSCGRCS |
使い方ガイド
- 塩基配列か FASTA を貼り付けます。数字・空白・改行は無視します。
- 標準の暗号表でなければ遺伝暗号表を選びます。名前の横の番号が GenBank レコードの transl_table の値です。
- 6 つの読み枠を読み、その下の ORF 一覧を見ます。長い順に並んでいます。
知っておくとよいこと
- NCBI が公開している遺伝暗号表がすべて入っています。手で書き写したのではなく、プログラム向けに NCBI が公開しているファイルから取り込んでいます。
- あいまいなコドンは、取りうる塩基すべてが同じアミノ酸になるときだけそのアミノ酸になります。GGN はグリシン、TGR は終止かトリプトファンなので X です。当てにいけば他人のタンパク質を作ってしまいます。
- 位置は貼り付けた配列を基準に数えます。そのためマイナス鎖の ORF は開始の番号が終了より大きくなります。配列の端まで続く読み枠は捨てずに印を付けます。部分的なコード領域を貼るのはよくあることだからです。
よくある質問
標準の暗号表の開始コドンが TTG・CTG・ATG の 3 つで、開始コドンの設定でそれらを使えるからです。「ATG のみ」にすればその ORF は出ません。
短い読み枠を隠します。64 コドンのうち 3 つが終止なので、偶然だけでも 21 コドンごとに終止が現れます。それよりずっと短いものはほとんど雑音です。
終止と終止のあいだの区間ごとに「最初の」開始だけを報告します。あとのほうは同じ読み枠の先頭を切っただけで、両方載せると頭だけ違う行が増えます。
ほかの配列ツール
- DNA 逆相補的配列 — 塩基配列の反転・相補・逆相補を求めます。
- GC 含量計算ツール — GC・AT 含量とスキュー、位置ごとの GC 含量を見ます。
- マルチプルアライメント — 近縁の配列を並べて、保存領域を読み取ります。