配列解析
逆相補的配列
DNA/RNA 配列の逆相補・相補・反転を求めます。
これは例です。入力欄をクリックすると消えて、入力を始められます。
例：
24 bp · GC含量 54%
DNA と判定しました。
計算結果 — 逆相補
- 長さ
- 24 bp
- GC含量
- 54.2%
- 塩基の数
- A 6C 6G 7T 5
使い方ガイド
- 塩基配列か FASTA を貼り付けるか、ファイルをドロップします。空白・数字・改行は無視します。
- 操作を選びます。ほとんどの場合は逆相補ですが、逆順と相補は別のものなので分けてあります。
- どちら側もコピーできます。整えた入力のほうが必要になることも多いので、専用のコピーボタンがあります。
知っておくとよいこと
- 大文字・小文字は情報です。小文字はマスクされた領域や信頼度の低い領域を表すことが多いため、指定しない限り a の相補は T ではなく t です。
- あいまい塩基もきちんと相補されます。R は Y と対になります。N にまとめてしまうと、入力した情報が静かに失われます。
- 塩基でない文字は削除せず報告します。1 文字抜けるとそれ以降の位置がすべてずれ、それが発注したプライマーまで生き延びる誤りです。
よくある質問
逆順は並びを反転します。相補は各塩基を対の塩基に置き換えます。逆相補は両方を行い、反対鎖を通常の向きで読んだものになります。
使えます。アルファベットを選ぶか、貼り付けた内容から判断させてください。
整列した行を反転しても、隣の行とそろったままにするためです。
ほかの配列ツール
- DNA タンパク質翻訳ツール — 6 つの読み枠の翻訳と ORF 検索。NCBI の遺伝暗号表を選べます。
- プライマー Tm値 計算ツール — nearest neighbor法 による融解温度
- GC 含量計算ツール — GC・AT 含量とスキュー、位置ごとの GC 含量を見ます。