Traducción de ADN a proteína
Los seis marcos de lectura y los marcos abiertos que contienen, con cualquier código genético del NCBI.
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Ajustes
Antes de traducir se quitan los huecos y los dígitos, y la U se lee como T. Un codón cuyas combinaciones ambiguas dan todas el mismo residuo se traduce; cualquier otro es X. Las posiciones de los ORF se cuentan sobre la secuencia que pegaste, así que un ORF de la hebra negativa cuenta hacia atrás.
Seis marcos de lectura
+1GTRSRPWLAIDMKQTHLVDRAFSNGWIEPCYKTLVGDAHNRQSEIFMWPKLTVGADYNRHQSCEIFLM*AAA*LRIL*SR
+2VPGLDHG*RSI*NRLILWIVLSATDGSNHVTKLLWEMLITVRAKSSCGQNLLWELITTVIRAVKSSLCKRPLN*GSSRVD
+3YQV*TMVSDRYETDSSCGSCFQQRMDRTMLQNSCGRCS*PSERNLHVAKTYCGS*LQPSSEL*NLPYVSGRLIKDPLES
-1VDSRGSLIKRPLT*GRFHSSDDGCNQLPQ*VLAT*RFRSDGYEHLPQEFCNMVRSIRC*KHDPQDESVSYRSLTMV*TWY
-2STLEDP*LSGRLHKEDFTALMTVVISSHSKFWPHEDFALTVMSISHKSFVTWFDPSVAESTIHKMSLFHIDR*PWSRPGT
-3RL*RILN*AAAYIRKISQL**RL*SAPTVSFGHMKISL*RL*ASPTRVL*HGSIHPLLKARSTR*VCFISIANHGLDLV
Marcos de lectura abiertos (4)
| Marco | Posición | Longitud (nt) | Inicio | Proteína |
|---|---|---|---|---|
| +1 | 34..207 | 174 | ATG | MKQTHLVDRAFSNGWIEPCYKTLVGDAHNRQSEIFMWPKLTVGADYNRHQSCEIFLM |
| -2 | 180..22 | 159 | ATG | MTVVISSHSKFWPHEDFALTVMSISHKSFVTWFDPSVAESTIHKMSLFHIDR |
| +2 | 110..223 | 114 | ATG | MLITVRAKSSCGQNLLWELITTVIRAVKSSLCKRPLN |
| +3 | 18..119 | 102 | ATG | MVSDRYETDSSCGSCFQQRMDRTMLQNSCGRCS |
Cómo se usa
- Pega una secuencia de nucleótidos o FASTA. Los números, los espacios y los saltos de línea se ignoran.
- Elige el código genético si no es el estándar. El número junto a cada nombre es el valor de transl_table que lleva un registro de GenBank.
- Lee los seis marcos y luego los marcos de lectura abiertos de debajo, ordenados de mayor a menor.
Conviene saber
- Están todas las tablas de código genético que publica el NCBI, tomadas del archivo que publica para que lo lean los programas en vez de copiadas a mano.
- Un codón ambiguo se traduce solo cuando todas las bases posibles dan el mismo residuo. GGN es glicina; TGR es X, porque es o un codón de terminación o triptófano, y adivinar sería inventarte la proteína.
- Las posiciones se cuentan sobre la secuencia que pegaste, así que un ORF de la hebra negativa empieza en un número mayor que el de su final. Un marco que llega al final de la secuencia se conserva y se marca en vez de descartarse, porque pegar una región codificante parcial es lo más normal.
Preguntas frecuentes
Las demás herramientas de secuencias
- Complemento inverso de ADN — Invierte, complementa o calcula el complemento inverso de una secuencia de nucleótidos.
- Calculadora de contenido de GC — Contenido de GC y AT, sesgo, y GC a lo largo de la secuencia.
- Alineamiento múltiple de secuencias — Alinea una familia de secuencias y lee las columnas conservadas.