Sequence Analysis
DNA 단백질 번역 Tool
6개 해독틀로 번역하고 ORF 를 찾습니다. NCBI 유전암호표를 모두 고를 수 있습니다.
예제가 들어 있습니다. 여기를 누르면 지워집니다.
예제:
설정
번역 전에 갭과 숫자를 지우고 U 는 T 로 읽습니다. 모호 염기가 어떤 조합이어도 같은 아미노산이면 그 아미노산으로, 아니면 X 로 옮깁니다. ORF 위치는 붙여넣은 서열을 기준으로 세므로 마이너스 가닥은 숫자가 줄어듭니다.
6개 해독틀
+1GTRSRPWLAIDMKQTHLVDRAFSNGWIEPCYKTLVGDAHNRQSEIFMWPKLTVGADYNRHQSCEIFLM*AAA*LRIL*SR
+2VPGLDHG*RSI*NRLILWIVLSATDGSNHVTKLLWEMLITVRAKSSCGQNLLWELITTVIRAVKSSLCKRPLN*GSSRVD
+3YQV*TMVSDRYETDSSCGSCFQQRMDRTMLQNSCGRCS*PSERNLHVAKTYCGS*LQPSSEL*NLPYVSGRLIKDPLES
-1VDSRGSLIKRPLT*GRFHSSDDGCNQLPQ*VLAT*RFRSDGYEHLPQEFCNMVRSIRC*KHDPQDESVSYRSLTMV*TWY
-2STLEDP*LSGRLHKEDFTALMTVVISSHSKFWPHEDFALTVMSISHKSFVTWFDPSVAESTIHKMSLFHIDR*PWSRPGT
-3RL*RILN*AAAYIRKISQL**RL*SAPTVSFGHMKISL*RL*ASPTRVL*HGSIHPLLKARSTR*VCFISIANHGLDLV
ORF (4)
| 해독틀 | 위치 | 길이 (nt) | 개시 | 단백질 |
|---|---|---|---|---|
| +1 | 34..207 | 174 | ATG | MKQTHLVDRAFSNGWIEPCYKTLVGDAHNRQSEIFMWPKLTVGADYNRHQSCEIFLM |
| -2 | 180..22 | 159 | ATG | MTVVISSHSKFWPHEDFALTVMSISHKSFVTWFDPSVAESTIHKMSLFHIDR |
| +2 | 110..223 | 114 | ATG | MLITVRAKSSCGQNLLWELITTVIRAVKSSLCKRPLN |
| +3 | 18..119 | 102 | ATG | MVSDRYETDSSCGSCFQQRMDRTMLQNSCGRCS |
사용 방법
- 염기 서열이나 FASTA 를 붙여넣습니다. 숫자·공백·줄바꿈은 무시합니다.
- 표준 코드가 아니면 유전암호표를 고릅니다. 이름 옆의 번호가 GenBank 레코드의 transl_table 값입니다.
- 6개 해독틀을 읽고, 그 아래 ORF 목록을 봅니다. 긴 것부터 정렬돼 있습니다.
알아 둘 것
- NCBI 가 공개한 유전암호표 전부가 들어 있습니다. 손으로 옮긴 것이 아니라 프로그램이 읽으라고 NCBI 가 내놓은 파일에서 가져왔습니다.
- 모호 코돈은 가능한 염기가 모두 같은 아미노산을 줄 때만 그 아미노산이 됩니다. GGN 은 글리신이고, TGR 은 종결이거나 트립토판이라 X 입니다 — 찍으면 남의 단백질을 지어내는 것입니다.
- 위치는 붙여넣은 서열을 기준으로 셉니다. 그래서 마이너스 가닥 ORF 는 시작 번호가 끝 번호보다 큽니다. 서열 끝까지 이어지는 해독틀은 버리지 않고 표시해 둡니다 — 부분 코딩 서열을 붙여넣는 일은 흔하니까요.
자주 묻는 질문
표준 코드의 개시 코돈이 TTG·CTG·ATG 셋이고, 개시 코돈 설정에서 그것들을 쓸 수 있기 때문입니다. 「ATG 만」으로 두면 그 ORF 는 안 나옵니다.
짧은 해독틀을 감춥니다. 64개 코돈 중 셋이 종결이라 우연만으로도 21코돈마다 종결이 나오므로, 그보다 훨씬 짧은 것은 대개 잡음입니다.
종결과 종결 사이 구간마다 «첫» 개시만 보고합니다. 뒤의 것은 같은 해독틀의 앞부분을 자른 것이라, 둘 다 실으면 앞머리만 다른 행이 늘어납니다.
다른 서열 도구
- DNA 역상보 서열 Tool — 염기 서열을 역방향·상보·역상보로 변환합니다.
- GC 함량 계산기 — GC·AT 함량과 skew, 위치별 GC 함량을 봅니다.
- 다중 서열 정렬 Tool — 여러 서열을 한 번에 정렬하고 보존된 컬럼을 확인합니다.