Sequence Analysis
DNA 단백질 번역 Tool
6개 해독틀로 번역하고 ORF 를 찾습니다.
예제가 들어 있습니다. 여기를 누르면 지워집니다.
예제:
설정
번역 전에 갭과 숫자를 제거하고 U는 T로 읽습니다. 모호 염기가 어떤 조합이어도 같은 아미노산이면 그 아미노산으로, 아니면 X로 변환합니다. ORF 위치는 붙여넣은 서열을 기준으로 계산하므로 마이너스 가닥은 번호가 감소합니다.
6개 해독틀
+1GTRSRPWLAIDMKQTHLVDRAFSNGWIEPCYKTLVGDAHNRQSEIFMWPKLTVGADYNRHQSCEIFLM*AAA*LRIL*SR
+2VPGLDHG*RSI*NRLILWIVLSATDGSNHVTKLLWEMLITVRAKSSCGQNLLWELITTVIRAVKSSLCKRPLN*GSSRVD
+3YQV*TMVSDRYETDSSCGSCFQQRMDRTMLQNSCGRCS*PSERNLHVAKTYCGS*LQPSSEL*NLPYVSGRLIKDPLES
-1VDSRGSLIKRPLT*GRFHSSDDGCNQLPQ*VLAT*RFRSDGYEHLPQEFCNMVRSIRC*KHDPQDESVSYRSLTMV*TWY
-2STLEDP*LSGRLHKEDFTALMTVVISSHSKFWPHEDFALTVMSISHKSFVTWFDPSVAESTIHKMSLFHIDR*PWSRPGT
-3RL*RILN*AAAYIRKISQL**RL*SAPTVSFGHMKISL*RL*ASPTRVL*HGSIHPLLKARSTR*VCFISIANHGLDLV
ORF (4)
| 해독틀 | 위치 | 길이 (nt) | 개시 | 단백질 |
|---|---|---|---|---|
| +1 | 34..207 | 174 | ATG | MKQTHLVDRAFSNGWIEPCYKTLVGDAHNRQSEIFMWPKLTVGADYNRHQSCEIFLM |
| -2 | 180..22 | 159 | ATG | MTVVISSHSKFWPHEDFALTVMSISHKSFVTWFDPSVAESTIHKMSLFHIDR |
| +2 | 110..223 | 114 | ATG | MLITVRAKSSCGQNLLWELITTVIRAVKSSLCKRPLN |
| +3 | 18..119 | 102 | ATG | MVSDRYETDSSCGSCFQQRMDRTMLQNSCGRCS |
사용 방법
- 염기 서열이나 FASTA를 붙여넣습니다. 숫자·공백·줄바꿈은 무시됩니다.
- 표준 코드가 아니면 유전암호표를 선택합니다. 이름 옆의 번호가 GenBank 레코드의 transl_table 값입니다.
- 6개 해독틀을 확인하고, 그 아래 ORF 목록을 확인합니다. 긴 것부터 정렬되어 있습니다.
알아 둘 것
- NCBI가 공개한 유전암호표 전부를 수록했습니다. 수작업으로 옮긴 것이 아니라 NCBI가 프로그램 판독용으로 제공하는 파일에서 가져왔습니다.
- 모호 코돈은 가능한 염기가 모두 같은 아미노산을 지정할 때만 그 아미노산으로 번역됩니다. GGN은 글리신이고, TGR은 종결 또는 트립토판이므로 X입니다. 임의로 선택하면 존재하지 않는 단백질을 만들어 내는 셈입니다.
- 위치는 붙여넣은 서열을 기준으로 계산합니다. 그래서 마이너스 가닥 ORF는 시작 번호가 끝 번호보다 큽니다. 서열 끝까지 이어지는 해독틀은 제외하지 않고 표시합니다. 부분 코딩 서열을 붙여넣는 경우가 흔하기 때문입니다.
자주 묻는 질문
표준 코드의 개시 코돈이 TTG·CTG·ATG 셋이며, 개시 코돈 설정에서 이를 사용할 수 있기 때문입니다. 「ATG만」으로 설정하면 그 ORF는 표시되지 않습니다.
짧은 해독틀을 숨깁니다. 64개 코돈 중 셋이 종결이라 우연만으로도 21코돈마다 종결이 나타나므로, 그보다 훨씬 짧은 것은 대개 잡음입니다.
종결과 종결 사이 구간마다 첫 개시만 보고합니다. 뒤의 것은 같은 해독틀의 앞부분을 절단한 것이라, 둘 다 수록하면 앞부분만 다른 행이 늘어납니다.
다른 서열 도구
- DNA 역상보 서열 변환기 — 염기 서열을 역방향·상보·역상보로 변환합니다.
- GC 함량 계산기 — GC·AT 함량과 skew, 위치별 GC 함량을 표시합니다.
- 다중 서열 정렬 Tool — 여러 서열을 한 번에 정렬하고 보존된 열을 확인합니다.