制限酵素の切断地図

1使い方ガイド

1. 配列を貼り付けます。プレーンでも FASTA でも構いません — 数字・空白・見出しは取り除かれ、文字は位置を保つので、位置がお使いの番号と合います。
2. 直鎖として読むか環状として読むかを選びます。プラスミドは「環状」で、配列を書き始めた地点をまたぐ部位は直鎖では「見えません」— そうなると 1 回だけ切る酵素が実は 2 回切る酵素になり、「誤った酵素を勧める」ことになります。
3. ちょうど 1 回切る酵素が一番上に、切断位置とともに出ます。クローニングで必要なのはその一覧です。
4. その下の表に「切る酵素すべて」が切る回数の少ない順に並び、残る末端と、切断位置が配列のどのあたりかを示す帯が付きます。
5. 一番下の折りたたみに「ここに部位がない」酵素があります。同じ問いのもう半分です — インサートを切らない酵素が、ベクターに使える酵素です。

2知っておくこと

• 酵素は New England Biolabs が出している「1 ページ」から採り、表の下に記した日付に読みました。ほかから足したものはありません。そのページに載る 238 種のうち 167 種がここにあり、残りの 71 種は認識配列から「離れた場所」を切ります — どれだけ遠く、どちら向きに届くかまで扱わなければ、部位の地図には置けません。
• ⚠️ このツールが探すのは「認識部位」です。その酵素が実際に手元で切るかどうかは、緩衝液・温度・DNA の調製に左右される「別の問い」です。
• 認識配列の縮重塩基を扱います — AccI は GT/MKAC、StyI は C/CWWGG です。縮重した部位は「縮重した突出末端」を残し、ひとつに決めずそのまま示します。
• 付着末端・平滑末端は調べたのではなく「切断位置から導いた」ものです。下の鎖は反対の端から同じ距離で切れるので、余った分が突出です。EcoRI は 5′ 4 塩基、KpnI は 3′ 4 塩基、SmaI は平滑です。
• ⚠️ A・C・G・T でない文字は何とも一致しません — 認識配列の N ともです。認識配列の N は「どの塩基でも」、配列の N は「この塩基が分からない」であり、確かめられない部位は部位ではありません。それらの文字は「取り除かず位置を保ちます」— ひとつ取り除けば、後ろの位置がすべてずれるからです。
• 片方の鎖だけを走査し、それは「近道ではなく完全」です。この一覧の認識配列はすべて両方の鎖で同じに読め、それを 167 種すべてについて「検査」しています — 仮定していません。

3よくある質問

4ほかの配列ツール

• DNA 逆相補的配列 — 塩基配列の反転・相補・逆相補を求めます。
• プライマーダイマー確認ツール — 自己・交差ダイマーを 3′ 末端とともに確認します。
• DNA タンパク質翻訳ツール — 6 つの読み枠の翻訳と ORF 検索。NCBI の遺伝暗号表を選べます。