GC 含量計算ツール

1使い方ガイド

1. 配列 1 本、FASTA レコード、あるいは複数のレコードをまとめて貼り付けます。
2. 窓の大きさを決めます。GC の線がどれだけ細かくなるかがここで決まります。狭ければ局所的な特徴を追い、広ければ配列全体の形が見えます。
3. 数値を読み、組成の帯を見て、位置ごとの GC を見ます。レコードが複数あるときは下の表で比べられ、名前を押すと上の詳細がその配列に切り替わります。

2知っておくとよいこと

• GC・AT は A・C・G・T である塩基を分母として計算します。あいまい塩基は長さには入りますが百分率には入らず、それが答えを変える場合は画面が何個あるかを示します。
• GC スキューは 1 本の鎖の「中で」測った (G − C) / (G + C) で、出典は Lobry (1996) です。2 本の鎖のあいだの比較ではありません。相補鎖は定義上ちょうど符号が反対なので、そう測るとどこでも 0 になってしまいます。
• ヘッダーのないレコードに付ける名前は意図的に ASCII です。FASTA の識別子はほかの人のプログラムに渡っていき、非 ASCII はその少なくない数で壊れて返ってきます。

3よくある質問

4ほかの配列ツール

• DNA タンパク質翻訳ツール — 6 つの読み枠の翻訳と ORF 検索。NCBI の遺伝暗号表を選べます。
• プライマー Tm値 計算ツール — nearest neighbor法 による融解温度
• FASTA 整形ツール — 貼り付けた FASTA を整え、アライメントはそのまま残します。