配列解析
GC 含量計算ツール
配列の GC・AT 含量と、位置ごとの分布を求めます。
例が入っています。ここを押すと消えます。
例:
sequence
- 長さ
- 300
- GC 含量
- 46.0 %
- AT 含量
- 54.0 %
- GC スキュー
- 0.159
- AT スキュー
- 0.000
塩基組成
- G 80 (26.7 %)
- C 58 (19.3 %)
- A 81 (27.0 %)
- T 81 (27.0 %)
位置ごとの GC 含量 (窓 50 nt)
使い方ガイド
- 配列 1 本、FASTA レコード、あるいは複数のレコードをまとめて貼り付けます。
- 窓の大きさを決めます。GC の線がどれだけ細かくなるかがここで決まります。狭ければ局所的な特徴を追い、広ければ配列全体の形が見えます。
- 数値を読み、組成の帯を見て、位置ごとの GC を見ます。レコードが複数あるときは下の表で比べられ、名前を押すと上の詳細がその配列に切り替わります。
知っておくとよいこと
- GC・AT は A・C・G・T である塩基を分母として計算します。あいまい塩基は長さには入りますが百分率には入らず、それが答えを変える場合は画面が何個あるかを示します。
- GC スキューは 1 本の鎖の「中で」測った (G − C) / (G + C) で、出典は Lobry (1996) です。2 本の鎖のあいだの比較ではありません。相補鎖は定義上ちょうど符号が反対なので、そう測るとどこでも 0 になってしまいます。
- ヘッダーのないレコードに付ける名前は意図的に ASCII です。FASTA の識別子はほかの人のプログラムに渡っていき、非 ASCII はその少なくない数で壊れて返ってきます。
よくある質問
ほとんどの場合はあいまい塩基です。N があると全長で割った値は実際に読めた塩基で割った値より低くなり、このツールは後者で計算します。
決まりではなく、何を見たいかによります。線が雑音にならない程度に広く、見たい特徴がならされない程度に狭ければ十分です。
貼り付けた鎖で G と C が同じくらい現れているということです。スキューを生む圧力がない配列ではよくあることで、誤りではありません。
ほかの配列ツール
- DNA タンパク質翻訳ツール — 6 つの読み枠の翻訳と ORF 検索。NCBI の遺伝暗号表を選べます。
- プライマー Tm値 計算ツール — nearest neighbor法 による融解温度
- FASTA 整形ツール — 貼り付けた FASTA を整え、アライメントはそのまま残します。
参考文献
GC skew の定義の出どころです。GC 含量と塩基組成は数えるだけなので引用しません。
- Lobry JR. (1996) Asymmetric substitution patterns in the two DNA strands of bacteria. Mol Biol Evol 13(5):660–665.doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a025626GC skew = (G − C) / (G + C) を1本の鎖の中で測るという定義 — 2本の鎖の比較ではありません