配列解析
タンパク質パラメータ計算ツール
配列から分子量・等電点・吸光係数・アミノ酸組成を計算します。
例が入っています。ここを押すと消えます。
例:
sp|P00698|LYSC_CHICK
- 長さ
- 147 aa
- 分子量
- 16238.70 Da
- 理論等電点 pI
- 9.37
- pH 7 の正味電荷
- +8.76
- 脂肪族指数
- 81.70
- GRAVY
- -0.150
等電点は正味電荷がちょうど 0 になる pH で、公開されている Bjellqvist の pK 値で解いています。ExPASy ProtParam はこれより 0.01 ほど低く出ます。末端の pK をそこに来る残基で変え、交点を解かずに刻んで報告するためです。
280 nm の吸光
システイン還元状態
- 吸光係数
- 37,470
- Abs 0.1% (1 g/L)
- 2.307
システインがすべてジスルフィド結合
- 吸光係数
- 37,970
- Abs 0.1% (1 g/L)
- 2.338
どちらを使うかは配列ではなく緩衝液が決めます。還元条件なら左です。差はジスルフィド結合ひとつあたり 125 です。
アミノ酸組成
| 残基 | 個数 | % | 鎖に占める割合 |
|---|---|---|---|
| A Ala | 14 | 9.5 | |
| C Cys | 9 | 6.1 | |
| D Asp | 7 | 4.8 | |
| E Glu | 2 | 1.4 | |
| F Phe | 4 | 2.7 | |
| G Gly | 13 | 8.8 | |
| H His | 1 | 0.7 | |
| I Ile | 7 | 4.8 | |
| K Lys | 6 | 4.1 | |
| L Leu | 15 | 10.2 | |
| M Met | 3 | 2.0 | |
| N Asn | 14 | 9.5 | |
| P Pro | 3 | 2.0 | |
| Q Gln | 3 | 2.0 | |
| R Arg | 12 | 8.2 | |
| S Ser | 11 | 7.5 | |
| T Thr | 7 | 4.8 | |
| V Val | 7 | 4.8 | |
| W Trp | 6 | 4.1 | |
| Y Tyr | 3 | 2.0 | |
| 合計 | 147 | 100.0 |
使い方ガイド
- タンパク質配列を一文字コードで貼り付けてください。そのままでも FASTA でも構いません。数字・空白・改行は無視するので、番号つきの出力もそのまま入れられます。
- 値を読んでください。分子量と組成は計算そのもので、等電点は正味電荷が 0 を横切る pH を解いて求めます。
- 濃度を求めるときは、緩衝液に合う列の吸光係数を選び、測定した A280 をその値で割ってください。
知っておくとよいこと
- 吸光係数が二つあるのは、システインが対になっているかどうかで振る舞いが変わるからです。280 nm で吸光するのはジスルフィド結合で、結合ひとつあたり 125 です。遊離システインは寄与しません。列を読み違えると、多くのタンパク質では小さな誤差ですが、システインの多いものでは大きくなります。
- 等電点は配列だけから計算します。折りたたみ・結合したリガンド・翻訳後修飾は入っておらず、その三つはどれも実際の値を動かします。緩衝液を選ぶ出発点であって測定値ではありません。
- ここでの分子量は平均質量です。タンパク質の表に載る値であり、質量分析でデコンボリューションした平均値と同じ種類のものです。モノアイソトピック質量ではありません。
- トリプトファンもチロシンもジスルフィド結合もない鎖は、280 nm では定量できません。このツールは 0 を出さずにそう書きます。0 は測定値のように見えるからです。
よくある質問
理由は二つあり、どちらも小さいものです。ProtParam は各末端の pK をそこに来る残基で変えますが、公開されている表ではそれを表せません。また交点を解かずに刻んで報告するので、電荷が実際に 0 になる pH の少し手前で止まります。参照タンパク質三つでは差はいずれも 0.01 でした。
ここの残基質量は IUPAC 2021 の簡約標準原子量から導いたもので、その原子量は有効数字が四桁か五桁です。残基を数百足すと百万分のいくつかの水準で積み上がります。607 残基のタンパク質で 0.16 Da でした。
それらはアミノ酸ではなくあいまいコードで、どれも質量が一つに決まりません。飛ばすと鎖が黙って短くなり、長さで割った値がすべて変わるので、ツールは止まってその文字を名指しします。
吸光係数は Pace ら (1995) と Edelhoch (1967)、pK 値は Bjellqvist らのものを Kozlowski (2016) がまとめた表、疎水度は Kyte と Doolittle (1982)、脂肪族指数は Ikai (1980) です。残基質量は、このサイトがすでに使っている IUPAC 2021 標準原子量から出しています。
ほかの配列ツール
- DNA タンパク質翻訳ツール — 6 つの読み枠の翻訳と ORF 検索。NCBI の遺伝暗号表を選べます。
- GC 含量計算ツール — GC・AT 含量とスキュー、位置ごとの GC 含量を見ます。
- プライマー Tm値 計算ツール — nearest neighbor法 による融解温度