제한효소 절단 지도

1사용 방법

1. 서열을 붙여넣습니다. 평문이든 FASTA든 가능합니다. 숫자·공백·머리글은 제외되고 문자는 위치를 유지하므로, 위치 번호가 사용하시던 번호와 일치합니다.
2. 선형으로 해석할지 원형으로 해석할지 선택합니다. 플라스미드는 원형이며, 서열 시작 지점을 가로지르는 인식부위는 선형에서는 검출되지 않습니다. 그 경우 단일 절단 효소로 표시된 것이 실제로는 두 번 자르는 효소가 되어 잘못된 효소를 추천하게 됩니다.
3. 정확히 한 번 자르는 효소가 절단 위치와 함께 상단에 표시됩니다. 클로닝에 필요한 것이 그 목록입니다.
4. 그 아래 표에 절단하는 효소 전체가 절단 횟수가 적은 순으로 표시되며, 생성되는 말단과 절단 위치를 서열상에 표시하는 띠가 함께 제공됩니다.
5. 맨 아래 접힌 영역에 이 서열에 인식부위가 없는 효소가 있습니다. 같은 질문의 나머지 절반으로, 삽입절편을 자르지 않는 효소가 벡터에 사용할 수 있는 효소입니다.

2알아 둘 것

• 효소는 New England Biolabs가 발행한 한 문서에서 가져왔으며, 표 아래 기재된 날짜에 확인했습니다. 다른 출처에서 추가한 것은 없습니다. 해당 문서에 수록된 238종 중 167종이 여기 포함되어 있고, 나머지 71종은 인식서열에서 떨어진 곳을 절단합니다. 절단 지점이 얼마나 멀리 어느 방향인지까지 모델링하지 않으면 위치 지도로 표시할 수 없습니다.
• ⚠️ 이 도구가 검출하는 것은 인식부위입니다. 해당 효소가 실제 실험에서 절단하는지는 완충액·온도·DNA 준비 방법에 좌우되는 별개의 문제입니다.
• 인식서열의 축약 염기를 처리합니다. AccI는 GT/MKAC, StyI는 C/CWWGG입니다. 축약된 부위는 축약된 돌출 말단을 남기며, 하나로 확정하지 않고 그대로 표기합니다.
• 점착·평활 말단은 별도 참조가 아니라 절단 위치에서 유도한 것입니다. 아래 가닥은 반대쪽 끝에서 같은 거리를 절단하므로 남는 것이 돌출입니다. EcoRI는 5′ 4염기, KpnI는 3′ 4염기, SmaI는 평활입니다.
• ⚠️ A·C·G·T가 아닌 문자는 어떤 것과도 일치하지 않으며, 인식서열의 N과도 일치하지 않습니다. 인식서열의 N은 「어떤 염기든 무방」이고, 서열의 N은 「이 염기를 판독하지 못함」이므로, 확인할 수 없는 위치는 인식부위로 인정하지 않습니다. 해당 문자들은 제거하지 않고 위치를 유지합니다. 하나를 제거하면 뒤의 모든 위치가 밀리기 때문입니다.
• 한 가닥만 탐색하며, 이는 간소화가 아니라 완전한 방법입니다. 이 목록의 모든 인식서열은 양쪽 가닥에서 동일하게 읽히며, 그 사실을 167종 전부에 대해 검증합니다. 가정하지 않습니다.

3자주 묻는 질문

4다른 서열 도구

• DNA 역상보 서열 변환기 — 염기 서열을 역방향·상보·역상보로 변환합니다.
• 프라이머 Dimer 검사 — 셀프·크로스 다이머를 3′ 말단과 함께 표시합니다.
• DNA 단백질 번역기 — 해독틀 6개 번역과 ORF 찾기. NCBI 유전암호표를 선택할 수 있습니다.