제한효소 절단 지도

1사용 방법

1. 서열을 붙여넣습니다. 평문이든 FASTA 든 됩니다 — 숫자·공백·머리글은 빠지고 글자는 자리를 지켜서, 위치가 쓰시던 번호와 맞습니다.
2. 선형으로 읽을지 원형으로 읽을지 고릅니다. 플라스미드는 «원형»이고, 서열을 적기 시작한 지점을 가로지르는 자리는 선형에서는 «안 보입니다» — 그러면 단일 절단 효소가 사실은 두 번 자르는 효소가 되어 «틀린 효소를 추천»하게 됩니다.
3. 정확히 한 번 자르는 효소가 맨 위에, 절단 위치와 함께 나옵니다. 클로닝에서 필요한 것이 그 목록입니다.
4. 그 아래 표에 «자르는 효소 전부»가 적게 자르는 순으로 나오고, 남는 말단과 절단 위치가 서열 어디쯤인지 보여 주는 띠가 함께 있습니다.
5. 맨 아래 접힌 곳에 «여기 자리가 없는» 효소가 있습니다. 같은 질문의 나머지 반쪽입니다 — 삽입절편을 안 자르는 효소가 벡터에 쓸 수 있는 효소입니다.

2알아 둘 것

• 효소는 New England Biolabs 가 낸 «한 쪽»에서 가져왔고, 표 아래 적힌 날짜에 읽었습니다. 다른 곳에서 더한 것은 없습니다. 그 쪽에 실린 238종 중 167종이 여기 있고, 나머지 71종은 인식서열에서 «떨어진 곳»을 자릅니다 — 얼마나 멀리 어느 방향으로 뻗는지까지 모델링하지 않으면 자리 지도로 놓을 수 없습니다.
• ⚠️ 이 도구가 찾는 것은 «인식 자리»입니다. 그 효소가 실제로 손에서 자르는지는 완충액 · 온도 · DNA 를 어떻게 준비했는지에 달린 «다른 질문»입니다.
• 인식서열의 축약 염기를 다룹니다 — AccI 는 GT/MKAC, StyI 는 C/CWWGG 입니다. 축약된 자리는 «축약된 돌출 말단»을 남기고, 하나로 정하지 않고 그대로 적습니다.
• 점착·평활 말단은 찾아본 것이 아니라 «절단 위치에서 유도»한 것입니다. 아래 가닥은 반대쪽 끝에서 같은 거리를 잘리므로, 남는 것이 돌출입니다. EcoRI 는 5′ 네 염기, KpnI 는 3′ 네 염기, SmaI 는 평활입니다.
• ⚠️ A·C·G·T 가 아닌 글자는 아무것과도 안 맞습니다 — 인식서열의 N 과도 안 맞습니다. 인식서열의 N 은 「어떤 염기든」이고, 서열의 N 은 「이 염기를 모른다」이며, 확인할 수 없는 자리는 자리가 아닙니다. 그 글자들은 «빼지 않고 자리를 지킵니다» — 하나 빼면 뒤의 모든 위치가 밀리기 때문입니다.
• 한 가닥만 훑고, 그것은 «지름길이 아니라 완전»합니다. 이 목록의 모든 인식서열은 양쪽 가닥에서 같게 읽히고, 그것을 167종 전부에 대해 «검사»합니다 — 가정하지 않습니다.

3자주 묻는 질문

4다른 서열 도구

• DNA 역상보 서열 Tool — 염기 서열을 역방향·상보·역상보로 변환합니다.
• 프라이머 Dimer 검사 — Self·Cross 다이머를 3′ 말단과 함께 봅니다.
• DNA 단백질 번역 Tool — 6개 해독틀 번역과 ORF 찾기. NCBI 유전암호표를 고를 수 있습니다.