Mapa de restricción

1Cómo se usa

1. Pega la secuencia. En texto plano o FASTA; se quitan números, espacios y encabezados, y las letras conservan su posición para que la numeración coincida con la tuya.
2. Indica si se lee como lineal o circular. Un plásmido es circular, y un sitio que cruza el punto donde empieza la secuencia escrita es invisible en la lectura lineal, lo que convierte una enzima de corte único en una de dos cortes y acaba recomendando la enzima equivocada.
3. Las enzimas que cortan exactamente una vez están arriba, con la posición del corte. Esa es la lista que necesita la clonación.
4. La tabla de debajo tiene todas las enzimas que cortan, de menos cortes a más, con los extremos que dejan y una franja que muestra dónde caen los cortes a lo largo de la secuencia.
5. El pliegue del final lista las enzimas sin ningún sitio aquí, que es la otra mitad de la misma pregunta: una enzima que no corta el inserto es una enzima que puedes usar en el vector.

2Qué conviene saber

• Las enzimas vienen de una sola página publicada por New England Biolabs, leída en la fecha impresa bajo la tabla, y no se añadió nada de ninguna otra parte. Están aquí 167 de las 238 especificidades de esa página; las otras 71 cortan a distancia de su sitio de reconocimiento, algo que un mapa de sitios no puede situar sin modelar además cuánto y hacia dónde alcanzan.
• ⚠️ Esto encuentra sitios de reconocimiento. Que una enzima corte de verdad en tus manos es otra pregunta, y depende del amortiguador, la temperatura y cómo se preparó el ADN.
• Se manejan los códigos degenerados de los sitios — AccI es GT/MKAC y StyI es C/CWWGG — así que un sitio degenerado da un extremo saliente degenerado, impreso tal cual en vez de resuelto a una sola conjetura.
• Los extremos cohesivos y romos se deducen de la posición del corte, no se consultan: la hebra inferior se corta a la misma distancia del otro extremo, así que lo que sobra es el saliente. EcoRI deja cuatro bases 5′, KpnI cuatro bases 3′ y SmaI ninguna.
• ⚠️ Una letra que no sea A, C, G o T no coincide con nada, ni siquiera con la N de un sitio. La N de un sitio significa «cualquier base»; la N de una secuencia significa que la base es desconocida, y un sitio que nadie puede confirmar no es un sitio. Esas letras conservan su posición en vez de descartarse, porque descartar una desplazaría todas las posiciones siguientes.
• Se recorre una sola hebra, y eso es completo y no un atajo: todos los sitios de esta lista se leen igual en las dos hebras, cosa que se comprueba para las 167 en vez de darse por hecha.

3Preguntas frecuentes

4Las otras herramientas de secuencias

• Complemento inverso de ADN — Invierte, complementa o calcula el complemento inverso de una secuencia de nucleótidos.
• Dímeros de cebadores — Autodímeros y dímeros cruzados, con el extremo 3′ señalado.
• Traducción de ADN a proteína — Traducción en seis marcos y marcos de lectura abiertos, con los códigos del NCBI.