Sequence Analysis
단백질 파라미터 계산기
서열에서 분자량 · 등전점 · 흡광계수 · 아미노산 조성을 계산합니다.
예제가 들어 있습니다. 여기를 누르면 지워집니다.
예제:
sp|P00698|LYSC_CHICK
- 길이
- 147 aa
- 분자량
- 16238.70 Da
- 이론 등전점 pI
- 9.37
- pH 7 알짜 전하
- +8.76
- 지방족 지수
- 81.70
- GRAVY
- -0.150
등전점은 알짜 전하가 정확히 0이 되는 pH이고, 공개된 Bjellqvist pK 값으로 풀었습니다. ExPASy ProtParam 은 이보다 0.01 정도 낮게 내는데, 말단 pK 를 그 자리 잔기에 따라 바꾸고 교차점을 풀지 않고 한 칸씩 훑어 보고하기 때문입니다.
280 nm 흡광
시스테인 환원 상태
- 흡광계수
- 37,470
- Abs 0.1% (1 g/L)
- 2.307
시스테인 전부 이황화 결합
- 흡광계수
- 37,970
- Abs 0.1% (1 g/L)
- 2.338
어느 쪽을 쓸지는 서열이 아니라 완충액이 정합니다. 환원 조건이면 왼쪽입니다. 차이는 이황화 결합 하나당 125 입니다.
아미노산 조성
| 잔기 | 개수 | % | 사슬에서 차지하는 비율 |
|---|---|---|---|
| A Ala | 14 | 9.5 | |
| C Cys | 9 | 6.1 | |
| D Asp | 7 | 4.8 | |
| E Glu | 2 | 1.4 | |
| F Phe | 4 | 2.7 | |
| G Gly | 13 | 8.8 | |
| H His | 1 | 0.7 | |
| I Ile | 7 | 4.8 | |
| K Lys | 6 | 4.1 | |
| L Leu | 15 | 10.2 | |
| M Met | 3 | 2.0 | |
| N Asn | 14 | 9.5 | |
| P Pro | 3 | 2.0 | |
| Q Gln | 3 | 2.0 | |
| R Arg | 12 | 8.2 | |
| S Ser | 11 | 7.5 | |
| T Thr | 7 | 4.8 | |
| V Val | 7 | 4.8 | |
| W Trp | 6 | 4.1 | |
| Y Tyr | 3 | 2.0 | |
| 합계 | 147 | 100.0 |
사용 방법
- 단백질 서열을 한 글자 코드로 붙여넣으세요. 그냥 붙여넣어도 되고 FASTA 도 됩니다. 숫자 · 공백 · 줄바꿈은 무시하므로 번호가 붙은 출력을 그대로 넣어도 됩니다.
- 값을 읽으세요. 분자량과 조성은 셈이고, 등전점은 알짜 전하가 0을 지나는 pH 를 풀어서 얻습니다.
- 농도를 구하려면 완충액에 맞는 칸의 흡광계수를 골라, 측정한 A280 을 그 값으로 나누세요.
알아 둘 것
- 흡광계수가 두 개인 이유는 시스테인이 짝을 이뤘는지에 따라 달라지기 때문입니다. 280 nm 에서 흡광하는 것은 이황화 결합이고 결합 하나당 125 입니다. 자유 시스테인은 기여하지 않습니다. 칸을 잘못 읽으면 대개는 작은 오차지만 시스테인이 많은 단백질에서는 큽니다.
- 등전점은 서열만으로 계산합니다. 접힘 · 결합한 리간드 · 번역 후 변형은 반영되지 않고, 그 셋 다 실제 값을 움직입니다. 완충액을 고르는 출발점이지 측정값이 아닙니다.
- 여기서 분자량은 평균 질량입니다. 단백질 표에 실리는 값이고, 질량분석에서 디컨볼루션한 평균값과 같은 종류입니다. 단일동위원소 질량이 아닙니다.
- 트립토판도 티로신도 이황화 결합도 없는 사슬은 280 nm 로 정량할 수 없습니다. 이 도구는 0 을 찍지 않고 그렇게 말합니다 — 0 은 측정값처럼 보이기 때문입니다.
자주 묻는 질문
이유가 둘이고 둘 다 작습니다. ProtParam 은 각 말단의 pK 를 그 자리에 오는 잔기에 따라 바꾸는데 공개된 표로는 그것을 나타낼 수 없고, 교차점을 풀지 않고 한 칸씩 훑어 보고하기 때문에 전하가 실제로 0이 되는 pH 바로 앞에서 멈춥니다. 기준 단백질 셋에서 차이는 매번 0.01 이었습니다.
여기 잔기 질량은 IUPAC 2021 축약 표준 원자량에서 유도한 값이고, 그 원자량은 유효숫자가 넷이나 다섯입니다. 잔기 수백 개를 더하면 백만분의 몇 수준으로 쌓입니다. 607 잔기 단백질에서 0.16 Da 이었습니다.
그것들은 아미노산이 아니라 모호 코드이고, 어느 것도 질량이 하나로 정해지지 않습니다. 건너뛰면 사슬이 조용히 짧아지고 길이로 나눈 값이 전부 달라지므로, 도구는 멈추고 그 글자를 이름으로 알려 줍니다.
흡광계수는 Pace 등(1995)과 Edelhoch(1967), pK 값은 Bjellqvist 등의 것을 Kozlowski(2016)가 정리한 표, 소수성은 Kyte 와 Doolittle(1982), 지방족 지수는 Ikai(1980)입니다. 잔기 질량은 이 사이트가 이미 쓰고 있는 IUPAC 2021 표준 원자량에서 나옵니다.
다른 서열 도구
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