Sequence Analysis
단백질 파라미터 계산기
단백질 서열에서 분자량·등전점·흡광계수를 계산합니다.
예제가 들어 있습니다. 여기를 누르면 지워집니다.
예제:
sp|P00698|LYSC_CHICK
- 길이
- 147 aa
- 분자량
- 16238.70 Da
- 이론 등전점 pI
- 9.37
- pH 7 알짜 전하
- +8.76
- 지방족 지수
- 81.70
- GRAVY
- -0.150
등전점은 알짜 전하가 정확히 0이 되는 pH이고, 공개된 Bjellqvist pK 값으로 풀었습니다. ExPASy ProtParam 은 이보다 0.01 정도 낮게 내는데, 말단 pK 를 그 자리 잔기에 따라 바꾸고 교차점을 풀지 않고 한 칸씩 훑어 보고하기 때문입니다.
280 nm 흡광
시스테인 환원 상태
- 흡광계수
- 37,470
- Abs 0.1% (1 g/L)
- 2.307
시스테인 전부 이황화 결합
- 흡광계수
- 37,970
- Abs 0.1% (1 g/L)
- 2.338
어느 쪽을 사용할지는 서열이 아니라 완충액이 결정합니다. 환원 조건이면 왼쪽입니다. 차이는 이황화 결합 하나당 125입니다.
아미노산 조성
| 잔기 | 개수 | % | 사슬에서 차지하는 비율 |
|---|---|---|---|
| A Ala | 14 | 9.5 | |
| C Cys | 9 | 6.1 | |
| D Asp | 7 | 4.8 | |
| E Glu | 2 | 1.4 | |
| F Phe | 4 | 2.7 | |
| G Gly | 13 | 8.8 | |
| H His | 1 | 0.7 | |
| I Ile | 7 | 4.8 | |
| K Lys | 6 | 4.1 | |
| L Leu | 15 | 10.2 | |
| M Met | 3 | 2.0 | |
| N Asn | 14 | 9.5 | |
| P Pro | 3 | 2.0 | |
| Q Gln | 3 | 2.0 | |
| R Arg | 12 | 8.2 | |
| S Ser | 11 | 7.5 | |
| T Thr | 7 | 4.8 | |
| V Val | 7 | 4.8 | |
| W Trp | 6 | 4.1 | |
| Y Tyr | 3 | 2.0 | |
| 합계 | 147 | 100.0 |
사용 방법
- 단백질 서열을 한 글자 코드로 붙여넣으세요. 생 서열도 FASTA도 가능합니다. 숫자·공백·줄바꿈은 무시되므로 번호가 붙은 출력을 그대로 입력해도 됩니다.
- 값을 확인하세요. 분자량과 조성은 단순 계산이며, 등전점은 알짜 전하가 0이 되는 pH를 풀어서 산출합니다.
- 농도를 구하려면 완충액에 해당하는 칸의 흡광계수를 선택해, 측정한 A280을 그 값으로 나누세요.
알아 둘 것
- 흡광계수가 두 개인 이유는 시스테인의 짝 형성 여부에 따라 값이 달라지기 때문입니다. 280 nm에서 흡광하는 것은 이황화 결합이며 결합 하나당 125입니다. 유리 시스테인은 기여하지 않습니다. 칸을 잘못 선택하면 대개 작은 오차지만 시스테인이 많은 단백질에서는 큽니다.
- 등전점은 서열만으로 계산합니다. 접힘·결합 리간드·번역 후 변형은 반영되지 않으며, 이 셋 모두 실제 값에 영향을 줍니다. 완충액 선택의 출발점이지 측정값이 아닙니다.
- 여기서 분자량은 평균 질량입니다. 단백질 표에 실리는 값이고, 질량분석에서 디컨볼루션한 평균값과 같은 종류입니다. 단일동위원소 질량이 아닙니다.
- 트립토판도 티로신도 이황화 결합도 없는 사슬은 280 nm로 정량할 수 없습니다. 이 도구는 0을 표시하지 않고 그 사실을 안내합니다. 0은 측정값처럼 보이기 때문입니다.
자주 묻는 질문
이유가 둘이고 둘 다 작습니다. ProtParam 은 각 말단의 pK 를 그 자리에 오는 잔기에 따라 바꾸는데 공개된 표로는 그것을 나타낼 수 없고, 교차점을 풀지 않고 한 칸씩 훑어 보고하기 때문에 전하가 실제로 0이 되는 pH 바로 앞에서 멈춥니다. 기준 단백질 셋에서 차이는 매번 0.01 이었습니다.
여기 잔기 질량은 IUPAC 2021 축약 표준 원자량에서 유도한 값이고, 그 원자량은 유효숫자가 넷이나 다섯입니다. 잔기 수백 개를 더하면 백만분의 몇 수준으로 쌓입니다. 607 잔기 단백질에서 0.16 Da 이었습니다.
그것들은 아미노산이 아니라 모호 코드이고, 어느 것도 질량이 하나로 정해지지 않습니다. 건너뛰면 사슬이 조용히 짧아지고 길이로 나눈 값이 전부 달라지므로, 도구는 멈추고 그 글자를 이름으로 알려 줍니다.
흡광계수는 Pace 등(1995)과 Edelhoch(1967), pK 값은 Bjellqvist 등의 것을 Kozlowski(2016)가 정리한 표, 소수성은 Kyte 와 Doolittle(1982), 지방족 지수는 Ikai(1980)입니다. 잔기 질량은 이 사이트가 이미 쓰고 있는 IUPAC 2021 표준 원자량에서 나옵니다.
다른 서열 도구
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