Análisis de secuencias
Calculadora de parámetros de proteínas
Peso molecular, punto isoeléctrico, coeficiente de extinción y composición de aminoácidos a partir de una secuencia.
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Ejemplos:
sp|P00698|LYSC_CHICK
- Longitud
- 147 aa
- Peso molecular
- 16238.70 Da
- pI teórico
- 9.37
- Carga neta a pH 7
- +8.76
- Índice alifático
- 81.70
- GRAVY
- -0.150
El pI es el pH al que la carga neta vale exactamente cero, resuelto sobre la escala de pK de Bjellqvist publicada. ExPASy ProtParam da un valor unas 0.01 unidades menor, porque varía el pK de cada extremo según el residuo que ocupa esa posición y da un paso en lugar del cruce.
Absorbancia a 280 nm
Cisteínas reducidas
- Coeficiente de extinción
- 37,470
- Abs 0.1 % (1 g/L)
- 2.307
Todas las cisteínas emparejadas
- Coeficiente de extinción
- 37,970
- Abs 0.1 % (1 g/L)
- 2.338
Qué columna se aplica lo decide tu disolución amortiguadora, no la secuencia. En condiciones reductoras, la de la izquierda. La diferencia es de 125 por cada puente disulfuro.
Composición de aminoácidos
| Residuo | Recuento | % | Proporción de la cadena |
|---|---|---|---|
| A Ala | 14 | 9.5 | |
| C Cys | 9 | 6.1 | |
| D Asp | 7 | 4.8 | |
| E Glu | 2 | 1.4 | |
| F Phe | 4 | 2.7 | |
| G Gly | 13 | 8.8 | |
| H His | 1 | 0.7 | |
| I Ile | 7 | 4.8 | |
| K Lys | 6 | 4.1 | |
| L Leu | 15 | 10.2 | |
| M Met | 3 | 2.0 | |
| N Asn | 14 | 9.5 | |
| P Pro | 3 | 2.0 | |
| Q Gln | 3 | 2.0 | |
| R Arg | 12 | 8.2 | |
| S Ser | 11 | 7.5 | |
| T Thr | 7 | 4.8 | |
| V Val | 7 | 4.8 | |
| W Trp | 6 | 4.1 | |
| Y Tyr | 3 | 2.0 | |
| Total | 147 | 100.0 |
Cómo se usa
- Pega una secuencia de proteína en código de una letra, suelta o en FASTA. Los dígitos, los espacios y los saltos de línea se ignoran, así que una salida numerada entra tal cual.
- Lee las cifras. El peso molecular y la composición son aritmética; el punto isoeléctrico se obtiene resolviendo el pH al que la carga neta cruza el cero.
- Para una concentración, toma el coeficiente de extinción de la columna que corresponda a tu disolución amortiguadora y divide la A280 medida entre él.
Conviene saber
- El coeficiente de extinción tiene dos valores porque las cisteínas se comportan de distinta manera según estén emparejadas o no. Lo que absorbe a 280 nm es el puente disulfuro, a 125 por puente; una cisteína libre no aporta nada. Leer la columna equivocada es un error pequeño en casi todas las proteínas y grande en una rica en cisteína.
- El punto isoeléctrico se calcula solo a partir de la secuencia. No tiene en cuenta el plegamiento, los ligandos unidos ni las modificaciones postraduccionales, y las tres cosas mueven el valor real. Es un punto de partida para elegir una disolución amortiguadora, no una medida.
- Aquí el peso molecular es la masa media, que es lo que da una tabla de proteínas y lo que la espectrometría de masas informa como media deconvolucionada. No es la masa monoisotópica.
- Una cadena sin triptófano, sin tirosina y sin puente disulfuro no se puede cuantificar a 280 nm. La herramienta lo dice en lugar de escribir un cero, porque un cero parece una medida.
Preguntas frecuentes
Por dos motivos, los dos pequeños. ProtParam varía el pK de cada extremo según el residuo que lo ocupa, algo que la tabla publicada no puede expresar; y da un valor escalonado en vez de resolver el cruce, así que su respuesta se queda justo antes del pH al que la carga vale cero. En tres proteínas de referencia la diferencia fue de 0.01 en los tres casos.
Las masas de residuo de aquí se derivan de los pesos atómicos estándar abreviados de la IUPAC 2021, que llevan cuatro o cinco cifras significativas. A lo largo de cientos de residuos eso se acumula hasta unas pocas partes por millón. En una proteína de 607 residuos fueron 0.16 Da.
Son códigos de ambigüedad, no aminoácidos, y ninguno tiene una masa única. Saltárselos acortaría la cadena en silencio y cambiaría todas las cifras divididas por su longitud, así que la herramienta se detiene y nombra el carácter.
Los coeficientes de extinción, de Pace y col. (1995) con Edelhoch (1967); la escala de pK, de Bjellqvist y col., tal como la tabula Kozlowski (2016); la hidropatía, de Kyte y Doolittle (1982); el índice alifático, de Ikai (1980). Las masas de residuo salen de los pesos atómicos estándar de la IUPAC 2021 que este sitio ya usa.
Las demás herramientas de secuencias
- Traducción de ADN a proteína — Traducción en seis marcos y marcos de lectura abiertos, con los códigos del NCBI.
- Calculadora de contenido de GC — Contenido de GC y AT, sesgo, y GC a lo largo de la secuencia.
- Calculadora de Tm de cebadores — Temperatura de fusión por el modelo del vecino más próximo