GC 함량 계산기

1사용 방법

1. 서열 하나 또는 FASTA 레코드, 여러 레코드를 한 번에 붙여넣습니다.
2. 창 크기를 설정합니다. GC 곡선의 해상도가 여기서 결정됩니다. 좁으면 국소 특징을 따라가고, 넓으면 서열 전체의 경향이 드러납니다.
3. 수치를 확인하고, 조성 막대와 위치별 GC를 확인합니다. 레코드가 여럿이면 아래 표에서 비교할 수 있으며, 이름을 누르면 위쪽 상세가 해당 서열로 전환됩니다.

2알아 둘 것

• GC·AT는 A·C·G·T인 염기를 분모로 계산합니다. 모호 염기는 길이에는 포함되지만 백분율에는 포함되지 않으며, 그것이 결과에 영향을 주는 경우 화면에 개수를 표시합니다.
• GC skew는 한 가닥 안에서 측정한 (G − C) / (G + C)이며 출처는 Lobry(1996)입니다. 두 가닥 사이의 비교가 아닙니다. 상보 가닥은 정의상 정확히 반대 부호이므로 그렇게 측정하면 어디서나 0이 됩니다.
• 헤더 없는 레코드에 부여되는 이름은 의도적으로 ASCII입니다. FASTA 식별자는 다른 프로그램으로 전달되는데, 비ASCII는 상당수 환경에서 깨져 반환됩니다.

3자주 묻는 질문

4다른 서열 도구

• DNA 단백질 번역기 — 해독틀 6개 번역과 ORF 찾기. NCBI 유전암호표를 선택할 수 있습니다.
• 프라이머 Tm 계산기 — nearest-neighbor 모델로 융해온도를 구합니다
• FASTA 정리 도구 — 붙여넣은 FASTA 를 정리하고 정렬은 그대로 둡니다.

5참고문헌

GC skew 정의의 출처입니다. GC 함량과 염기 조성은 세는 것이라 인용하지 않습니다.

1. Lobry JR. (1996) Asymmetric substitution patterns in the two DNA strands of bacteria. Mol Biol Evol 13(5):660–665.doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a025626GC skew = (G − C) / (G + C) 를 한 가닥 안에서 재는 정의 — 두 가닥 사이의 비교가 아닙니다