Calculadora de contenido de GC

1Cómo se usa

1. Pega una secuencia, un registro FASTA o varios registros a la vez.
2. Fija el tamaño de la ventana. Decide cuánto detalle muestra la línea de GC: una ventana estrecha sigue los rasgos locales, una ancha enseña la forma del conjunto.
3. Lee las cifras, luego la barra de composición y después el GC a lo largo de la secuencia. Con varios registros, la tabla de abajo los compara y al pulsar un nombre cambia el detalle de arriba.

2Conviene saber

• El GC y el AT se calculan sobre las bases que son A, C, G o T. Las bases ambiguas cuentan para la longitud y no para el porcentaje, y la pantalla dice cuántas había siempre que eso cambie algo.
• El sesgo de GC es (G − C) / (G + C) medido dentro de una hebra, de Lobry (1996). No es una comparación entre las dos hebras: la complementaria tiene el valor espejo por construcción, así que esa lectura sería cero en todas partes.
• Los nombres que se generan para los registros sin cabecera son ASCII a propósito. Un identificador FASTA acaba en programas de otra gente, y uno no ASCII vuelve estropeado de unos cuantos de ellos.

3Preguntas frecuentes

4Las demás herramientas de secuencias

• Traducción de ADN a proteína — Traducción en seis marcos y marcos de lectura abiertos, con los códigos del NCBI.
• Calculadora de Tm de cebadores — Temperatura de fusión por el modelo del vecino más próximo
• Limpieza de FASTA — Ordena un FASTA pegado sin romper el alineamiento.

5Referencias

De dónde sale la definición del sesgo GC (GC skew). El contenido GC y la composición de bases son recuentos y no se citan.

1. Lobry JR. (1996) Asymmetric substitution patterns in the two DNA strands of bacteria. Mol Biol Evol 13(5):660–665.doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a025626GC skew = (G − C) / (G + C), medido dentro de una sola hebra: no es una comparación entre las dos hebras