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PCR サイクリング条件

ポリメラーゼとアンプリコン長から、サイクリング条件の表を作ります。酵素とアンプリコン長を選んでください。

メーカーのプロトコルをそのまま書き写したものです。表の下に原文へのリンクがあります。

両方のプライマーの外側までを含む、産物全体の長さです。

使い方ガイド

  1. 使うポリメラーゼを選びます。⚠️ 温度は酵素ごとに「違います」— ここにある Taq 系の 2 つでも、伸長が 68 °C のものと 65 °C のものがあります。
  2. アンプリコン全体の長さを bp で入力します。ここから計算されるのは伸長時間だけで、ほかの行はプロトコルの値そのままです。
  3. 表をそのままサーマルサイクラーに入力します。色の付いた 3 行が繰り返す区間で、横の「×」がサイクル数です。
  4. アニーリング温度は「範囲」でのみ出ます。そのセルの「Tm 計算機」リンクから、プライマーで直接求めてください。

💡 表の下のリンクは、その値を書き写したメーカーのプロトコル原文です。うまくいかないときはまずそこを見てください。

計算式と注意点

この道具が「計算」するのは伸長時間ひとつだけです。ほかの行はメーカーが印刷した値をそのまま写しています。

伸長時間

酵素ごとに決まった秒/kb にアンプリコン長を掛けます。サーマルサイクラーが整数秒で受け取るため切り上げます。

伸長時間
t = (秒/kb) × (アンプリコン bp ÷ 1000)

⚠️ なぜ酵素ごとに表を分けるのか

ここに載せた 5 つの酵素の伸長温度は「3 通り」です — 72 °C・68 °C・65 °C。変性温度も 94・95・98 °C に分かれます。「だいたいこう」という 1 行を書くと 5 つのうち 3 つで間違いになります。そのため一般化せず、プロトコルをそのまま載せています。

⛔ アニーリング温度を 1 つに決めない理由

ここに載せた 5 つのプロトコルはすべて、メーカーの Tm 計算機を使うようにと本文に書いています。アニーリングはプライマー配列・塩濃度・緩衝液に依存するため、酵素だけでは決められません。そこでプロトコルが印刷した範囲をそのまま示し、そのセルから Tm 計算機へ移動できるようにしています。

注意点

  • ここにあるのは「ルーチン PCR」の条件です。GC が高い、二次構造が強い、鋳型が非常に少ない、アンプリコンが非常に長いといった場合は、プロトコル本文が追加の最適化を案内しています — リンクから確認してください。
  • アンプリコン長は両方のプライマーの「外側の端まで」測ってください。プライマー間の距離だけを測ると、伸長時間が短く出ます。
  • プロトコルを直接開いていない酵素は載せていません。開かずに書いた値は、画面上では出典のある値と見分けがつきません。
  • ホットスタート版は初期変性の条件が異なることがあります。実際にお使いの製品のプロトコルを確認してください。

よくある質問

参考文献

表の数字はすべてメーカーのプロトコルページから酵素ごとに転記したもので、酵素間で一般化した値はありません。どの行がどの文書から来たかは結果カードにも書かれます。

  1. New England Biolabs. PCR Protocol for Taq DNA Polymerase with Standard Taq Buffer (NEB #M0273). Read 2026-08-18, re-read 2026-08-22.https://www.neb.com/en/protocols/taq-dna-polymerase-with-standard-taq-buffer-m027395 °C 30 s → [95 °C 15–30 s / 45–68 °C 15–60 s / 68 °C 1 min/kb] × 25–30 → 68 °C 5 min — 伸長は 72 °C ではなく 68 °C です
  2. New England Biolabs. PCR Using OneTaq DNA Polymerase (NEB #M0480). Read 2026-08-18, re-read 2026-08-22.https://www.neb.com/en/protocols/onetaqdnapolymerasem048094 °C 30 s → [94 °C 15–30 s / 45–68 °C 15–60 s / 68 °C 1 min/kb] × 30 → 68 °C 5 min
  3. New England Biolabs. PCR Using Q5 High-Fidelity DNA Polymerase (NEB #M0491). Read 2026-08-18, re-read 2026-08-22.https://www.neb.com/en/protocols/pcr-using-q5-high-fidelity-dna-polymerase-m049198 °C 30 s → [98 °C 5–10 s / 50–72 °C 10–30 s / 72 °C 20–30 s/kb] × 25–35 → 72 °C 2 min
  4. New England Biolabs. PCR Protocol for Phusion High-Fidelity DNA Polymerase (NEB #M0530). Read 2026-08-18, re-read 2026-08-22.https://www.neb.com/en/protocols/pcr-protocol-m053098 °C 30 s → [98 °C 5–10 s / 45–72 °C 10–30 s / 72 °C 15–30 s/kb] × 25–35 → 72 °C 5–10 min
  5. New England Biolabs. PCR Protocol for LongAmp Taq DNA Polymerase (NEB #M0323). Read 2026-08-18, re-read 2026-08-22.https://www.neb.com/en/protocols/m0323-longamp-taq-dna-polymerase-protocol94 °C 30 s → [94 °C 15–30 s / 45–65 °C 15–60 s / 65 °C 50 s/kb] × 30 → 65 °C 10 min — 5つの酵素の中で3つ目の伸長温度（65 °C）

アニーリング温度はどのプロトコルも1つの値では示さず、メーカーの Tm 計算ツールを使うよう書いているため、このツールも印刷された範囲だけを示します。

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