사용 방법
- 쓰는 중합효소를 고릅니다. ⚠️ 효소마다 «온도가 다릅니다» — 같은 Taq 계열이라도 신장이 68 °C 인 것과 65 °C 인 것이 있습니다.
- 앰플리콘 전체 길이를 bp 로 넣습니다. 신장 시간만 이 길이에서 계산되고, 나머지 줄은 프로토콜 값 그대로입니다.
- 표를 그대로 서멀사이클러에 넣습니다. 파란 줄 셋이 반복되는 구간이고, 옆의 «× 숫자»가 사이클 수입니다.
- 어닐링 온도는 «범위»로만 나옵니다. 그 칸의 «Tm 계산기» 링크로 넘어가 프라이머로 직접 구하십시오.
💡 표 아래 링크는 그 값을 옮겨 온 제조사 프로토콜 원문입니다. 조건이 잘 안 맞으면 거기부터 보십시오.
공식과 주의사항
이 도구가 «계산»하는 것은 신장 시간 하나뿐입니다. 나머지 줄은 제조사가 인쇄한 값을 그대로 옮긴 것입니다.
신장 시간
효소마다 정해진 초/kb 에 앰플리콘 길이를 곱합니다. 서멀사이클러가 정수 초로 받으므로 올림합니다.
- 신장 시간
- t = (초/kb) × (앰플리콘 bp ÷ 1000)
⚠️ 왜 표를 효소마다 따로 두는가
여기 실린 다섯 효소의 신장 온도가 «세 갈래»입니다 — 72 °C · 68 °C · 65 °C. 변성 온도도 94 · 95 · 98 °C 로 갈립니다. 「대체로 이렇다」는 한 줄을 쓰면 다섯 중 셋에서 틀립니다. 그래서 일반화하지 않고 프로토콜을 그대로 싣습니다.
⛔ 어닐링 온도를 하나로 정해 주지 않는 이유
여기 실린 다섯 프로토콜이 모두, 제조사 Tm 계산기를 쓰라고 «본문에» 적고 있습니다. 어닐링은 프라이머 서열·염 농도·완충액에 달려 있어서 효소만 알고는 못 정합니다. 그래서 프로토콜이 인쇄한 범위를 그대로 보여주고, 그 칸에서 Tm 계산기로 넘어가게 해 뒀습니다.
주의사항
- 여기 실린 것은 «루틴 PCR» 조건입니다. GC 가 높거나, 이차구조가 심하거나, 주형이 매우 적거나, 앰플리콘이 아주 길면 프로토콜 본문이 추가 최적화를 안내합니다 — 링크에서 확인하십시오.
- 앰플리콘 길이는 프라이머 «바깥쪽 끝까지» 재십시오. 프라이머 사이 거리만 재면 신장 시간이 짧게 나옵니다.
- 표에 없는 효소는 넣지 않았습니다. 프로토콜을 직접 열지 않은 값을 여기 적으면 화면에서는 출처 있는 값과 구별되지 않습니다.
- 핫스타트 효소는 초기 변성 조건이 다를 수 있습니다. 쓰시는 제품의 프로토콜을 확인하십시오.
자주 묻는 질문
효소마다 최적 온도가 다르기 때문입니다. 여기 실린 다섯 개만 봐도 Q5 와 Phusion 은 72 °C, 표준 Taq 과 OneTaq 은 68 °C, LongAmp 는 65 °C 입니다. 「PCR 신장은 72 °C」는 널리 쓰이는 기억법이지만 다섯 중 셋에서 틀립니다. 이 도구가 효소를 먼저 묻는 이유가 그것입니다.
효소만으로는 정할 수 없기 때문입니다. 어닐링 온도는 프라이머 서열·길이·염 농도·완충액에 달려 있고, 여기 실린 다섯 프로토콜이 전부 제조사 Tm 계산기를 쓰라고 본문에 적고 있습니다. 이 도구는 프로토콜이 인쇄한 «범위»를 보여주고, 그 칸에서 프라이머 Tm 도구로 넘어가게 해 뒀습니다.
정방향 프라이머의 5′ 끝부터 역방향 프라이머의 5′ 끝까지, 즉 실제로 만들어지는 산물 전체입니다. 프라이머 사이 구간만 재면 프라이머 길이만큼 짧아지고, 그만큼 신장 시간이 모자라게 나옵니다. 짧은 앰플리콘일수록 이 차이가 비율로 커집니다.
프로토콜이 범위로 인쇄하기 때문입니다. 주형이 많으면 적은 쪽, 카피 수가 낮은 표적이면 많은 쪽입니다. 다만 사이클을 늘릴수록 비특이 산물과 오류도 함께 늘어나므로, 밴드가 보이는 최소 사이클 수를 쓰는 편이 낫습니다.