PCR 조건 설계기

중합효소와 앰플리콘 길이로 제조사 프로토콜 그대로의 사이클링 표를 만듭니다.효소와 앰플리콘 길이를 고르면 사이클링 표가 바로 나옵니다.

제조사 프로토콜을 그대로 옮긴 것입니다. 표 아래에 원문 링크가 있습니다.

프라이머 바깥쪽까지 포함한 산물 전체 길이입니다.

사용 방법

  1. 쓰는 중합효소를 고릅니다. ⚠️ 효소마다 «온도가 다릅니다» — 같은 Taq 계열이라도 신장이 68 °C 인 것과 65 °C 인 것이 있습니다.
  2. 앰플리콘 전체 길이를 bp 로 넣습니다. 신장 시간만 이 길이에서 계산되고, 나머지 줄은 프로토콜 값 그대로입니다.
  3. 표를 그대로 서멀사이클러에 넣습니다. 파란 줄 셋이 반복되는 구간이고, 옆의 «× 숫자»가 사이클 수입니다.
  4. 어닐링 온도는 «범위»로만 나옵니다. 그 칸의 «Tm 계산기» 링크로 넘어가 프라이머로 직접 구하십시오.

💡 표 아래 링크는 그 값을 옮겨 온 제조사 프로토콜 원문입니다. 조건이 잘 안 맞으면 거기부터 보십시오.

공식과 주의사항

이 도구가 «계산»하는 것은 신장 시간 하나뿐입니다. 나머지 줄은 제조사가 인쇄한 값을 그대로 옮긴 것입니다.

신장 시간

효소마다 정해진 초/kb 에 앰플리콘 길이를 곱합니다. 서멀사이클러가 정수 초로 받으므로 올림합니다.

신장 시간
t = (초/kb) × (앰플리콘 bp ÷ 1000)

⚠️ 왜 표를 효소마다 따로 두는가

여기 실린 다섯 효소의 신장 온도가 «세 갈래»입니다 — 72 °C · 68 °C · 65 °C. 변성 온도도 94 · 95 · 98 °C 로 갈립니다. 「대체로 이렇다」는 한 줄을 쓰면 다섯 중 셋에서 틀립니다. 그래서 일반화하지 않고 프로토콜을 그대로 싣습니다.

⛔ 어닐링 온도를 하나로 정해 주지 않는 이유

여기 실린 다섯 프로토콜이 모두, 제조사 Tm 계산기를 쓰라고 «본문에» 적고 있습니다. 어닐링은 프라이머 서열·염 농도·완충액에 달려 있어서 효소만 알고는 못 정합니다. 그래서 프로토콜이 인쇄한 범위를 그대로 보여주고, 그 칸에서 Tm 계산기로 넘어가게 해 뒀습니다.

주의사항

  • 여기 실린 것은 «루틴 PCR» 조건입니다. GC 가 높거나, 이차구조가 심하거나, 주형이 매우 적거나, 앰플리콘이 아주 길면 프로토콜 본문이 추가 최적화를 안내합니다 — 링크에서 확인하십시오.
  • 앰플리콘 길이는 프라이머 «바깥쪽 끝까지» 재십시오. 프라이머 사이 거리만 재면 신장 시간이 짧게 나옵니다.
  • 표에 없는 효소는 넣지 않았습니다. 프로토콜을 직접 열지 않은 값을 여기 적으면 화면에서는 출처 있는 값과 구별되지 않습니다.
  • 핫스타트 효소는 초기 변성 조건이 다를 수 있습니다. 쓰시는 제품의 프로토콜을 확인하십시오.

자주 묻는 질문

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