프라이머 Tm 계산기
프라이머·올리고의 융해온도를 nearest-neighbor 모델로 구합니다.
예시가 들어 있습니다. 상자를 누르면 지워집니다.
예시
결과 — 서열 2개
| 이름 | 서열 | 길이 | GC% | Tm (°C) | 간이(Wallace) | ΔH (kcal/mol) | ΔS (cal/mol·K) | 분자량 | ε₂₆₀ |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| FWD_GAPDH | ACCACAGTCCATGCCATCAC | 20 | 55.0% | 62.2 | 62 | -154.6 | -414.8 | 5991 | 187,700 |
| REV_GAPDH | TCCACCACCCTGTTGCTGTA | 20 | 55.0% | 63.0 | 62 | -152.2 | -406.6 | 6004 | 176,600 |
여기 나온 Tm 은 계산으로 얻은 예측값입니다. 실제 융해온도는 서열·버퍼·측정 방법에 따라 달라지므로, 중요한 실험이라면 실험으로 확인하십시오.
SantaLucia(1998) nearest-neighbor 파라미터와 같은 논문의 염 보정(ΔS 에 적용)을 씁니다. Mg²⁺ 는 dNTP 가 붙잡고 남은 몫을 1가 양이온으로 환산해 넣습니다(von Ahsen 2001). 간이(Wallace) 열은 2(A+T)+4(G+C) 로, 짧은 프라이머의 눈대중용입니다 — 판단은 Tm 열로 하십시오.
참고문헌
이 도구가 쓰는 식이 어디서 왔는지입니다. 서지사항은 PubMed·DOI 기록에서 확인했습니다.
- SantaLucia J Jr. (1998) A unified view of polymer, dumbbell, and oligonucleotide DNA nearest-neighbor thermodynamics. Proc Natl Acad Sci USA 95(4):1460–1465.doi:10.1073/pnas.95.4.1460이웃 쌍 열역학 파라미터와 염 보정 — 이 도구가 쓰는 둘 다 이 논문에서 나왔습니다
- von Ahsen N, Wittwer CT, Schütz E. (2001) Oligonucleotide melting temperatures under PCR conditions: nearest-neighbor corrections for Mg2+, deoxynucleotide triphosphate, and dimethyl sulfoxide concentrations with comparison to alternative empirical formulas. Clin Chem 47(11):1956–1961.doi:10.1093/clinchem/47.11.1956Mg²⁺ 와 dNTP 를 1가 양이온 농도로 환산하는 식
- von Ahsen N, Wittwer CT, Schütz E. (2011) Monovalent and divalent salt correction algorithms for Tm prediction — recommendations for Primer3 usage. Brief Bioinform 12(5):514–517.doi:10.1093/bib/bbq0811가·2가 보정을 어떻게 조합해야 하는지의 근거
- Green MR, Sambrook J. (2019) Polymerase Chain Reaction. Cold Spring Harb Protoc 2019(6):pdb.top095109.doi:10.1101/pdb.top095109「일반 PCR」 프리셋의 네 값 — 50 mM KCl · 1.5 mM Mg²⁺ · dNTP 각 200 µM · 프라이머 0.1–0.5 µM
- Wallace RB, Shaffer J, Murphy RF, Bonner J, Hirose T, Itakura K. (1979) Hybridization of synthetic oligodeoxyribonucleotides to phi chi 174 DNA: the effect of single base pair mismatch. Nucleic Acids Res 6(11):3543–3557.doi:10.1093/nar/6.11.3543간이(Wallace) 열의 2(A+T) + 4(G+C) 규칙
흡광계수(ε₂₆₀) 열이 쓰는 이웃 쌍 표는 출처를 1차 기록에서 확인하지 못해 여기 싣지 않았습니다. 분자량은 염기 무게의 합이라 인용이 필요 없습니다.