Sequence Analysis
프라이머 Tm 계산기
프라이머의 융해온도(Tm)를 계산합니다.
예시가 들어 있습니다. 상자를 누르면 지워집니다.
예시
결과 — 서열 2개
| 이름 | 서열 | 길이 | GC% | Tm (°C) | 간이(Wallace) | ΔH (kcal/mol) | ΔS (cal/mol·K) | 분자량 | ε₂₆₀ |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| FWD_GAPDH | ACCACAGTCCATGCCATCAC | 20 | 55.0% | 62.2 | 62 | -154.6 | -414.8 | 5991 | 187,700 |
| REV_GAPDH | TCCACCACCCTGTTGCTGTA | 20 | 55.0% | 63.0 | 62 | -152.2 | -406.6 | 6004 | 176,600 |
여기 표시되는 Tm은 계산으로 얻은 예측값입니다. 실제 융해온도는 서열·버퍼·측정 방법에 따라 달라지므로, 중요한 실험이라면 실험으로 확인하세요.
SantaLucia(1998) nearest-neighbor 파라미터와 같은 논문의 염 보정(ΔS에 적용)을 사용합니다. Mg²⁺는 dNTP가 킬레이트하고 남은 몫을 1가 양이온으로 환산해 반영합니다(von Ahsen 2001). 간이(Wallace) 열은 2(A+T)+4(G+C)로, 짧은 프라이머의 개략적 추정용입니다. 판단은 Tm 열을 기준으로 하세요.
참고문헌
이 도구가 쓰는 식이 어디서 왔는지입니다. 서지사항은 PubMed·DOI 기록에서 확인했습니다.
- SantaLucia J Jr. (1998) A unified view of polymer, dumbbell, and oligonucleotide DNA nearest-neighbor thermodynamics. Proc Natl Acad Sci USA 95(4):1460–1465.doi:10.1073/pnas.95.4.1460이웃 쌍 열역학 파라미터와 염 보정 — 이 도구가 쓰는 둘 다 이 논문에서 나왔습니다
- von Ahsen N, Wittwer CT, Schütz E. (2001) Oligonucleotide melting temperatures under PCR conditions: nearest-neighbor corrections for Mg2+, deoxynucleotide triphosphate, and dimethyl sulfoxide concentrations with comparison to alternative empirical formulas. Clin Chem 47(11):1956–1961.doi:10.1093/clinchem/47.11.1956Mg²⁺ 와 dNTP 를 1가 양이온 농도로 환산하는 식
- von Ahsen N, Wittwer CT, Schütz E. (2011) Monovalent and divalent salt correction algorithms for Tm prediction — recommendations for Primer3 usage. Brief Bioinform 12(5):514–517.doi:10.1093/bib/bbq0811가·2가 보정을 어떻게 조합해야 하는지의 근거
- Green MR, Sambrook J. (2019) Polymerase Chain Reaction. Cold Spring Harb Protoc 2019(6):pdb.top095109.doi:10.1101/pdb.top095109「일반 PCR」 프리셋의 네 값 — 50 mM KCl · 1.5 mM Mg²⁺ · dNTP 각 200 µM · 프라이머 0.1–0.5 µM
- Wallace RB, Shaffer J, Murphy RF, Bonner J, Hirose T, Itakura K. (1979) Hybridization of synthetic oligodeoxyribonucleotides to phi chi 174 DNA: the effect of single base pair mismatch. Nucleic Acids Res 6(11):3543–3557.doi:10.1093/nar/6.11.3543간이(Wallace) 열의 2(A+T) + 4(G+C) 규칙
흡광계수(ε₂₆₀) 열이 사용하는 이웃 쌍 표는 출처를 1차 기록에서 확인하지 못해 수록하지 않았습니다. 분자량은 염기 질량의 합이라 인용이 필요 없습니다.
사용 방법
- 프라이머를 한 행에 하나씩 입력하거나, FASTA로 여러 개를 한 번에 입력합니다. 파일을 끌어다 놓아도 됩니다.
- 올리고 농도와 염 농도를 설정합니다. Na⁺·Mg²⁺·dNTP가 모두 결과에 영향을 주며, 기본값은 출발점일 뿐 사용하시는 버퍼의 값이 아닙니다.
- 표를 확인합니다. 각 행이 해당 값에 적용된 조건을 함께 표시하므로, 어느 설정으로 계산되었는지 혼동 없이 두 프라이머를 비교할 수 있습니다.
알아 둘 것
- 모델은 SantaLucia(1998)의 nearest-neighbor 파라미터이며, 같은 논문의 염 보정을 ΔS에 적용합니다. 보정에는 dNTP가 킬레이트하고 남은 마그네슘을 사용합니다.
- 예측값입니다. 실제 융해온도는 서열·버퍼·측정 방법에 좌우되므로, 중요한 실험에서는 실험으로 확인하세요.
- A·C·G·T가 아닌 문자는 임의로 제거하지 않고 개수를 세어 안내합니다. 한 글자가 누락되면 그 뒤 위치가 전부 바뀌기 때문입니다.
자주 묻는 질문
대부분 염 보정이나 올리고 농도 때문입니다. 보정 방식이 다른 두 도구는 같은 서열에서 다른 값을 산출하며, 그래서 이 도구는 어떤 모델을 사용했는지 명시합니다.
반응액 내 프라이머 농도입니다. 피펫으로 취하는 스톡의 농도가 아닙니다.
확정 염기만 계산에 사용합니다. 나머지는 제외하고 안내하므로, 결과를 신뢰하기 전에 무엇이 제외되었는지 확인할 수 있습니다.
다른 서열 도구
- DNA 역상보 서열 변환기 — 염기 서열을 역방향·상보·역상보로 변환합니다.
- GC 함량 계산기 — GC·AT 함량과 skew, 위치별 GC 함량을 표시합니다.
- 다중 서열 정렬 Tool — 여러 서열을 한 번에 정렬하고 보존된 열을 확인합니다.