Sequence Analysis
프라이머 Dimer 검사
프라이머 세트의 다이머 형성 여부를 검사합니다.
예시 프라이머 쌍입니다. 입력을 시작하면 대체됩니다.
예시:
프라이머 2개 · 조합 3개
| 조합 | 종류 | ΔG (kcal/mol) | 3′ ΔG | 3′ 염기수 |
|---|---|---|---|---|
| FWD_GAPDH | Self | -1.86 | 0.79 | 2 / 2 |
| REV_GAPDH | Self | -0.30 | 1.46 | 2 / 2 |
| FWD_GAPDH × REV_GAPDH | Cross | -2.20 | 0.54 | 2 / 1 |
ΔG는 37 °C · 1 M Na⁺ 기준이며 SantaLucia (1998)를 따릅니다. 음수이면 이중가닥이 형성될 수 있습니다. ⚠️ 미스매치·루프는 계산에 포함되지 않으므로, 여기 값은 실제보다 더 음수로 산출됩니다.
FWD_GAPDH
Self3′ 말단으로 중합효소가 연장할 가능성이 있습니다
5'-ACCACAGTCCATGCCATCAC -3'
|| || ||
3'- CACTACCGTACCTGACACCA-5'ΔG 0.79 kcal/mol · 염기쌍 6개 · 최장 연속 2 · 3′ 말단이 걸린 길이 2 · 2
가장 안정한 형태
5'-ACCACAGTCCATGCCATCAC -3'
| |||| |
3'- CACTACCGTACCTGACACCA-5'ΔG -1.86 kcal/mol · 염기쌍 6개 · 최장 연속 4 · 3′ 말단이 걸린 길이 0 · 0
REV_GAPDH
Self3′ 말단으로 중합효소가 연장할 가능성이 있습니다
5'-TCCACCACCCTGTTGCTGTA -3'
||
3'- ATGTCGTTGTCCCACCACCT-5'ΔG 1.46 kcal/mol · 염기쌍 2개 · 최장 연속 2 · 3′ 말단이 걸린 길이 2 · 2
가장 안정한 형태
5'-TCCACCACCCTGTTGCTGTA -3'
| || |
3'- ATGTCGTTGTCCCACCACCT-5'ΔG -0.30 kcal/mol · 염기쌍 4개 · 최장 연속 2 · 3′ 말단이 걸린 길이 1 · 1
FWD_GAPDH × REV_GAPDH
Cross3′ 말단으로 중합효소가 연장할 가능성이 있습니다
5'-ACCACAGTCCATGCCATCAC -3'
| | ||
3'- ATGTCGTTGTCCCACCACCT-5'ΔG 0.54 kcal/mol · 염기쌍 4개 · 최장 연속 2 · 3′ 말단이 걸린 길이 2 · 1
가장 안정한 형태
5'- ACCACAGTCCATGCCATCAC-3'
| |||| |
3'-ATGTCGTTGTCCCACCACCT -5'ΔG -2.20 kcal/mol · 염기쌍 6개 · 최장 연속 4 · 3′ 말단이 걸린 길이 0 · 0
사용 방법
- 프라이머 세트를 붙여넣습니다. FASTA로 프라이머마다 한 레코드씩, 또는 서열 하나만 입력합니다. 최대 12개까지 가능합니다.
- 모든 프라이머를 자기 자신 및 나머지 전부와 비교합니다. 4개를 입력하면 자체 다이머 4개와 조합 6개가 산출됩니다.
- 표의 3′ 열을 먼저 확인하세요. 중합효소가 연장할 수 있는 배치이며, 느린 반응을 경쟁 산물로 전환시키는 원인입니다.
- 아래 그림이 어느 염기가 어디에 결합하는지 표시합니다. 재설계에 필요한 정보이며, 통상 3′ 말단에서 염기 하나만 이동시켜도 충분합니다.
알아 둘 것
- ΔG는 37 °C · 1 M Na⁺ 기준입니다. 최근접이웃 파라미터가 그 조건으로 제시되어 있기 때문이며, 사용하시는 버퍼로 보정하지 않습니다. 근사 모델에서 나온 수치를 보정하면 실제보다 정확해 보이게 만들 뿐입니다.
- ΔG가 음수이면 이중가닥이 형성될 수 있고, 더 음수일수록 평형에서 더 많이 생성됩니다. ⛔ 이 도구는 기준선을 제시하지 않습니다. 유의미한 기준선은 프라이머 농도, 어닐링 온도, 반응액의 다른 조건에 따라 달라지기 때문입니다.
- ⚠️ 이 모델에는 미스매치·벌지·루프 파라미터가 없습니다. 결합한 두 구간 사이의 간격에 비용을 부과하지 않으므로 값이 실제보다 더 음수로 산출됩니다. 오차가 발생한다면 이 방향이 안전합니다. 판정이 아니라 확인할 항목을 제시하는 것이 목적이기 때문입니다.
- 프라이머의 어느 부위든 결합하면 반응이 느려집니다. 3′ 말단이 관여한 경우는 별개의 사건이며, 그 안에서 다시 둘로 나뉩니다. 3′ 말단 너머에 상대 가닥이 남아 있으면 중합효소가 이를 주형으로 연장하고, 그렇게 생성된 산물이 남은 사이클 내내 프라이머·dNTP·중합효소를 두고 경쟁합니다. 양쪽 끝이 정확히 맞으면 연장할 주형이 없어 연장은 되지 않지만, 프라이머는 결합한 만큼 주형으로 가지 못합니다. ⛔ 전자는 3′ 말단 한두 염기를 이동시키면 대개 해결되고, 후자는 재설계가 필요합니다.
- 자체 다이머도 교차 다이머만큼 확인할 가치가 있습니다. 프라이머는 200~500 nM로 투입되므로 주형보다 자기 자신을 훨씬 자주 만나기 때문입니다.
- 이 프라이머들의 융해온도는 별개의 문제이며, 프라이머 Tm 도구가 실제 버퍼 조건으로 산출해 줍니다.
자주 묻는 질문
이 도구는 그 기준값을 제시하지 않으며, 제시하는 도구가 있다면 근거 없이 만든 값입니다. 어느 정도가 과한지는 반응액의 프라이머 농도, 어닐링 온도, 사이클 수에 따라 달라집니다. 표는 비교를 위한 것입니다. 내 세트 안의 조합끼리, 그리고 프라이머가 주형과 형성해야 할 이중가닥(수십 kcal/mol)과 비교하세요.
그것이 산물이 되기 때문입니다. 프라이머 중앙부가 결합하면 서로를 붙잡아 둘 뿐이지만, 3′ 말단이 결합하면 중합효소에 출발점을 제공합니다. 그렇게 생성된 산물이 남은 사이클 내내 모든 시약을 두고 경쟁합니다. 그리고 가장 안정한 배치가 그것이 아닌 경우가 잦습니다. 이 페이지의 세 번째 예시에서 가장 안정한 것은 양쪽 끝이 모두 빠진 12염기짜리이고, 정작 중요한 것은 4염기입니다.
결합하는 부분이 결합 상태를 유지하기에는 너무 작다는 뜻입니다. 나선을 개시하는 데 자유에너지가 소모되며, A·T 두 쌍이 제공하는 에너지는 그 비용보다 적습니다. 양수가 정확한 답이므로 숨기지 않고 표시합니다. 「이 둘이 만들 수 있는 최악의 경우가 아무것도 아니다」는 확인할 가치가 있는 정보입니다.
도구마다 파라미터 표와 전제가 다릅니다. 이 도구는 SantaLucia (1998) · 1 M Na⁺ · 미스매치 항 없음이며 그 사실을 명시했습니다. 다른 도구는 더 오래된 표를 사용하거나, 염 보정을 적용하거나, 벌지를 허용하는 탐색을 수행할 수 있습니다. 두 도구의 수치는 각 도구 안에서 비교할 수 있을 뿐 서로 비교할 수 있는 것이 아닙니다. 이 도구가 수치만이 아니라 이중가닥 그림을 함께 제시하는 이유이기도 합니다.
100 염기까지 가능합니다. 다만 이 모델은 프라이머가 형성하는 짧은 이중가닥을 위해 설계된 것입니다. 긴 올리고는 자체적으로 접히며, 접힘은 두 가닥을 이동시켜 맞춰 보는 것과는 다른 계산입니다.
다른 서열 도구
- 프라이머 Tm 계산기 — nearest-neighbor 모델로 융해온도를 구합니다
- DNA 역상보 서열 변환기 — 염기 서열을 역방향·상보·역상보로 변환합니다.
- GC 함량 계산기 — GC·AT 함량과 skew, 위치별 GC 함량을 표시합니다.