Lab-Tacular
Sequence Analysis

프라이머 Dimer 검사

프라이머 세트가 Self 다이머를 형성하는지, 어디에 붙는지, 그리고 중합효소가 연장할 수 있는지를 알려 줍니다.

예시 프라이머 쌍입니다. 입력을 시작하면 대체됩니다.

예시:

프라이머 2개 · 조합 3개

조합 한 줄씩 — 가장 안정한 이중가닥, 3′ 말단이 걸린 것 중 가장 안정한 것, 그리고 각 3′ 말단이 몇 염기나 걸렸는지.
조합종류ΔG (kcal/mol)3′ ΔG3′ 염기수
FWD_GAPDHSelf-1.860.792 / 2
REV_GAPDHSelf-0.301.462 / 2
FWD_GAPDH × REV_GAPDHCross-2.200.542 / 1

ΔG 는 37 °C · 1 M Na⁺ 기준, SantaLucia (1998). 음수이면 이중가닥이 형성될 수 있습니다. ⚠️ 미스매치·루프는 계산에 포함되지 않습니다. 그래서 여기 값은 실제보다 더 음수로 나옵니다.

FWD_GAPDH

Self

3′ 말단으로 중합효소가 연장할 가능성이 있습니다

5'-ACCACAGTCCATGCCATCAC      -3'
         ||    ||    ||      
3'-      CACTACCGTACCTGACACCA-5'

ΔG 0.79 kcal/mol · 염기쌍 6개 · 최장 연속 2 · 3′ 말단이 걸린 길이 2 · 2

가장 안정한 형태

5'-ACCACAGTCCATGCCATCAC  -3'
        |   ||||   |     
3'-  CACTACCGTACCTGACACCA-5'

ΔG -1.86 kcal/mol · 염기쌍 6개 · 최장 연속 4 · 3′ 말단이 걸린 길이 0 · 0

REV_GAPDH

Self

3′ 말단으로 중합효소가 연장할 가능성이 있습니다

5'-TCCACCACCCTGTTGCTGTA                  -3'
                     ||                  
3'-                  ATGTCGTTGTCCCACCACCT-5'

ΔG 1.46 kcal/mol · 염기쌍 2개 · 최장 연속 2 · 3′ 말단이 걸린 길이 2 · 2

가장 안정한 형태

5'-TCCACCACCCTGTTGCTGTA          -3'
             |   ||   |          
3'-          ATGTCGTTGTCCCACCACCT-5'

ΔG -0.30 kcal/mol · 염기쌍 4개 · 최장 연속 2 · 3′ 말단이 걸린 길이 1 · 1

FWD_GAPDH × REV_GAPDH

Cross

3′ 말단으로 중합효소가 연장할 가능성이 있습니다

5'-ACCACAGTCCATGCCATCAC           -3'
              | |    ||           
3'-           ATGTCGTTGTCCCACCACCT-5'

ΔG 0.54 kcal/mol · 염기쌍 4개 · 최장 연속 2 · 3′ 말단이 걸린 길이 2 · 1

가장 안정한 형태

5'-    ACCACAGTCCATGCCATCAC-3'
        | ||||        |    
3'-ATGTCGTTGTCCCACCACCT    -5'

ΔG -2.20 kcal/mol · 염기쌍 6개 · 최장 연속 4 · 3′ 말단이 걸린 길이 0 · 0

사용 방법

  1. 프라이머 세트를 붙여넣습니다 — FASTA 로 프라이머마다 한 레코드, 또는 서열 하나만. 최대 열두 개입니다.
  2. 모든 프라이머를 자기 자신과, 그리고 나머지 전부와 견줍니다. 네 개를 넣으면 자체 다이머 넷과 조합 여섯이 나옵니다.
  3. 표의 «3′ 열»을 먼저 보세요. 중합효소가 연장할 수 있는 배치이고, 느린 반응을 «경쟁하는 산물»로 바꾸는 것이 그것입니다.
  4. 아래 그림이 어느 염기가 어디에 붙는지 보여 줍니다. 다시 설계할 때 필요한 것이 그것이고, 보통 3′ 말단에서 염기 하나만 비껴 놓아도 충분합니다.

알아 둘 것

  • ΔG 는 37 °C · 1 M Na⁺ 기준입니다. 최근접이웃 파라미터가 그 상태로 제시돼 있기 때문이고, 여러분의 버퍼로 보정하지 않습니다. 거친 모델에서 나온 수를 보정하면 실제보다 «정확해 보이게» 됩니다.
  • ΔG 가 음수이면 이중가닥이 형성될 수 있고, 더 음수일수록 평형에서 더 많이 생깁니다. ⛔ 이 도구는 «기준선»을 드리지 않습니다. 중요한 기준선은 프라이머 농도 · 어닐링 온도 · 튜브 안의 다른 것들에 따라 달라지기 때문입니다.
  • ⚠️ 이 모델에는 미스매치·벌지·루프 파라미터가 없습니다. 붙은 두 구간 사이의 틈에 아무 비용도 매기지 않으므로 값이 실제보다 더 음수로 나옵니다. 틀린다면 이 방향이 낫습니다 — 판정이 아니라 확인할 목록을 드리는 것이기 때문입니다.
  • 프라이머 어디서든 붙으면 반응이 느려집니다. 3′ 말단이 걸린 것은 «다른 사건»이고, 그 안에서 또 둘로 갈립니다. 3′ 말단 «너머»에 상대 가닥이 남아 있으면 중합효소가 그것을 베껴 연장하고, 그렇게 생긴 산물이 남은 사이클 내내 프라이머·dNTP·중합효소를 두고 경쟁합니다. 양쪽 끝이 딱 맞아떨어지면 베낄 것이 없어 연장은 안 되지만, 프라이머는 붙은 만큼 주형으로 가지 못합니다. ⛔ 앞은 3′ 끝 한두 염기를 옮기면 대개 풀리고, 뒤는 다시 설계해야 합니다.
  • 자체 다이머도 교차 다이머만큼 볼 값어치가 있습니다. 프라이머는 200~500 nM 로 들어가므로 주형보다 «자기 자신»을 훨씬 자주 만납니다.
  • 이 프라이머들의 융해온도는 다른 질문이고, 프라이머 Tm 도구가 실제 버퍼로 답해 줍니다.

자주 묻는 질문

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